Практикум 10

Задание 1

Взял археи: Vulcanisaeta moutnovskia 768-28 (располагается на оси ОХ) и Vulcanisaeta distributa DSM 14429 (располагается по оси OY).

Рис.1 Карта локального сходства

То что она имеет два "куска" можно объяснить тем, что в фастах геномы начинаются с разных мест кольцевых хромосом.

Рис.2 Красными рамками выделены инверсии.

Рис.3 Синей рамкой выделена вставка

Рис.4 Что-то интересное...

На картинке отчетливо видно, что в двух местах есть перенос ДНК. Вряд ли это можно объяснить простой случайностью. У меня есть гипотеза, что у их общего предка в геноме было по несколько копий вирусной ДНК, у одного вида вырезалась копия из участка внутри прямоугольника, но осталась копия в другом месте. Или, может, просто когда-то прошла рекомбинация и участок ДНК переместился.

Сходство и различие геномов близкородственных бактерий

Описывал штаммы:

g-блоков - 5

s-блоков - 115

Суммарная длина - 1252699 (99%)

Процент консервативных позиций в объединенном выравнивании s-блоков - 99,58%

r-блоков - 50 Описание двух:

h-блоки

u-блоки

Аннотировал блок u1x196:

Бласт говорит, что такая последовательность встречается и у других видов, нежели Rickettsia rickettsii, при чем идентичность выше 95% (у одной находки 100%). Учитывая такое высокое сходство можно предположить, что это результат горизонтального переноса, а не гомология, при чем перенос осуществился не так давно, учитывая что у рассматриваемого вида последовательность присутствует только в одном штамме.

Расхождения в аннотациях

Мною было найдено такое расхождение: в штамме Iowa есть часть последовательности, аннотированная как Дельта субъединица АТФ-синтазы, а в трех других штаммах никак не аннотирована.