Задание 1:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
ATG 3890 |
ATT 4 |
CTG 2 |
GTG 338 |
TTC 1 |
TTG 80 |
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64:
ACA 1 |
ATG 1129 |
GTG 41 |
TCA 1 |
TCT 1 |
TTG 23 |
Mycoplasma pneumoniae M29:
AAA 1 |
ACA 1 |
ACT 1 |
ATA 3 |
ATC 1 |
ATG 627 |
ATT 7 |
CAA 1 |
CAC 1 |
CTA 1 |
CTC 3 |
CTG 2 |
GAA 1 |
GTG 60 |
GTT 1 |
TCC 2 |
TCT 1 |
TGA 1 |
TTA 1 |
TTC 1 |
TTG 49 |
1. Так как данные организмы - прокариоты, то у них есть свои старт-кодоны, а не только ATG. |
2. У прокариотов кольцевая ДНК, а значит синтез может начаться в любом месте. |
Задание 2:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
Output:
lcl|U00096.3_cds_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS] |
Причина: [pseudo=true] |
lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS] |
Причина: [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] |
lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS] |
Причина: [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] |
lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS] |
Причина: [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] |
Задание 3:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
TGA 1246 |
TAA 2761 |
TAG 306 |
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64:
TGA 1 |
TAA 1000 |
TAG 188 |
TGA находится в [protein=hypothetical protein]. |
Mycoplasma pneumoniae M29:
TGA 0 |
TAA 526 |
TAG 220 |
Количество TGA = 0, можно предположить, что TGA у Mycoplasma pneumoniae M29 кодирует какую-то аминокислоту. Это подтверждается исследованиями, TGA кодирует триптофан (W): The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code (transl_table=4) |
Задание 4:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
TTA 18505 |
TTG 18301 |
CTT 14728 |
CTC 14952 |
CTA 5203 |
CTG 71305 |
1. Сильный перекос в сторону использования кодона CTG, который содержит нуклеотиды 'G' и 'С', видимо, данная бактерия делает упор на тройные водородные GC связи |
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64:
TTA 14767 |
TTG 3237 |
CTT 9333 |
CTC 3968 |
CTA 3357 |
CTG 1714 |
1. Сильный перекос в сторону использования кодона TTA, вероятно, более выгоден для выживания данной бактерии |
Mycoplasma pneumoniae M29:
TTA 10295 |
TTG 5571 |
CTT 2782 |
CTC 3158 |
CTA 2826 |
CTG 2470 |
1. Сильный перекос в сторону использования кодона TTA, вероятно, более выгоден для выживания данной бактерии |
2. Различия в частоте использования кодонов могут быть из-за того, что данные бактерии живут в разных условиях |
Задание 5:
min = -12,000 (Соответствует точке терминации, так как в ней минимальное количество мутаций GС) |
max = 25,000 (Соответствует точке начала репликации, так как в ней максимальное значение мутаций GC) |
Задание 6:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
Очень часто встречаются 6-меры с G и C, это сходится с тем, что Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 - бактерия с высоким содержанием GС (50,8%)(Что мы выяснили раннее) |
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64:
Очень часто встречаются 6-меры с A и T, это сходится с тем, что Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 - бактерия с низким содержанием G и C (28,9%) |
Mycoplasma pneumoniae M29:
Очень часто встречаются 6-меры с A и T |
Получается, что комплементарные 6-меры встречались с одинаковой частотой (Например самый частый 6-мер на прямой цепочке имеет примерно такую же частоту, что и 6-мер на комплементарной цепочке) |