Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO
Анализ выдачи программы PROCHECK для записи 1JBK банка PDB
Воспользовался базой данных PDBSum. Получил карту Рамачандрана.
Процент остатков (отличных от Gly и Pro), попавших в предпочитаемые области равен 81,19. Эта величина ниже порогового значения (90%), следовательно модель сложно посчитать качественной исходя из определения.
Программа EDS
При помощи сервера EDS было обнаружено, что 5 остатков имеют большой Z-score по RSR. Для примера возьмем ARG197 c
RSR=0.262
Коэффициентом корреляции для электронной плотности = 0.806
Z-score пространственного R-фактора = 2.481788
Создадим для этого остатка изображение, на котором видна его модель и электронная плотность вокруг него.
- ARG197 (red-0.1,yellow-0.5 уровни электронной плотности в окрестности остатка)
Качество структуры для выбранного примера очень низкое. При значении уровня электронной плотности 0.5 почти вся боковая группа не была видна. Таким образом, значения RSR, к. кор. выходят за рамки допустимого.
PDB_REDO
Со страницы своей структуры в EDS прошел по гиперссылке "PDB_REDO". Занес в таблицу поля "R-values" и "WHAT_CHECK validation" для дальнейшего сравнения.
R-values etc. |
||
|
Calculated from data |
After full optimisation |
R |
0.2187 |
0.1873 |
R-free |
0.2450 |
0.2291 |
σR-free |
0.0052 |
0.0048 |
R-free Z-score |
3.58 |
-0.71 |
Значения после оптимизации уменьшились, что можно посчитать как хорошо.
WHAT_CHECK validation |
||
|
Original PDB entry |
Fully optimised |
1st generation packing quality(1) |
-0.087 |
-0.010 |
2nd generation packing quality(1) |
-1.272 |
-1.221 |
Ramachandran plot appearance(1) |
0.720 |
0.919 |
Chi-1/Chi-2 rotamer normality(1) |
0.797 |
1.659 |
Backbone conformation(1) |
0.396 |
0.364 |
Bond length RMS Z-score(2) |
0.280 |
0.512 |
Bond angle RMS Z-score(2) |
0.616 |
0.662 |
Total number of bumps(3) |
35 |
26 |
Unsatisfied H-bond donors/acceptors(3) |
5 |
5 |
1-чем больше, тем лучше; 2-должно быть меньше 1.0; 3-чем меньше, тем лучше.
Как видно из таблицы:
- улучшились: 1st generation packing quality, 2nd generation packing quality, Ramachandran plot appearance, Chi-1/Chi-2 rotamer normality, Total number of bumps
- ухудшились: Backbone conformation