Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
Цель данного занятия ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом. В этом занятии мы будем пользоваться пакетом Modeller. Это программное обеспечение распространяется бесплатно для академических пользователей. На этом занятии мы будем пользоваться пакетом Modeller для работы с белком лизоцимом из указанного организма. Используя известную структуру лизоцима форели в качестве образца, попробуем построить модель комплекса нашего белка с лигандом. Программе MODELLER для моделирования структуры белков в качестве входных данных нужны: управляющий скрипт, файл pdb со структурой-образцом, файл выравнивания с дополнительной информацией.
- Построим выравнивание последовательности из структуры ID: 1lmp и предложенного нам белка (LYSC_ALLNI).
Для построения выравнивания используем программу ClustalW.
Выравнивание сохраняем в формате PIR.
Модифицируем файл выравнивания определенным образом. PIR.
- Модификация файла со структурой.
Удалим всю воду из структуры (в текстовом редакторе), всем атомам лиганда присвоим один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируем имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C
файл 1lmp_now.ent
Создание управляющего скрипта lysc_allni.py
- Запуск скрипта:
mod9v7 lysc_allni.py &
При совмещение получается рис.
Структуры практически не отличаются друг от друга. N-конец всех моделей представляет собой длинный хвост.
- Проверим качество моделей и выберем лучшую. Инструменты для оценки качества структуры можно найти в веб интерфейсе WHATIF.
Проведём анализ средством "Build/check/repair model -> Protein Model Check", который выполняют общую проверку модели белка. Наиболее важными пунктами для нас будут те, по которым белок имеет ошибки (error).
Все ошибки, имеющие отношение к структуре, были записаны в файлы:
Наименьшее количество ошибок содержится во второй структуре, поэтому будем считать ее правильной.