Практикум 1, задание 5

Сначала конкретно потупив , я, все-таки, понял, что это достаточно несложное задание, которое можно выполнить и при том не изобретать велосипед.

Для начала я нашел последовательность белка, который меня интересовал, а именно белка E.

С помощью сервиса GenBank, я смог найти интересующую меня последовательность, далее оставалось понять, на каких координатах генома она находится.

ATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGCG

CTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGTGTTAAAATCTGAATTCTTCTAGAGTTCCTGATC

TTCTGGTCTAA

A из ATG - 26 245

A из TAA (стоп кодон) - 26 472

Вот так выглядит команда для kodomo (чтобы ее вбить, нужно поубирать пробелы)

fuzznuc -pattern ATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTT

ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGTG

TTAAAAATCTGAATTCTTCTAGAGTTCCTGATCTTCTGGTCTAA '/P/y20/SARS-CoV-2.fasta[26000:27000]' -stdout