Практикум №4

Задание 1

Чтобы скопировать файл на свой компьютер, я нашёл нужный файл на kodomo, посмотрел его полное имя, и затем на домашней странице терминала ввёл команду

scp username@kodomo.fbb.msu.ru:<полное имя файла на kodomo> .

После этого меня попросили ввести пароль и файл скачался. На фото изображены несколько человекоподобных обезьян (рамапитеки).

Задание 2

Это фотография из моего студенческого билета.

Задание 3

На kodomo в папке /P/y20/term1/pr4/files 91 файл

/P/y20/term1/pr4/files$ ls -A|wc -l
91

Команда выдаёт названия всех файлов (не считая . и ..), а затем считает количество получившихся строк (строка на название).

На .txt заканчиваются 14 файлов

/P/y20/term1/pr4/files$ ls *.txt|wc -l
14

Аналогично предыдущему, только сначала - список всех файлов оканчивающихся на .txt

Файл Xxxx_all.fasta, объединяющий содержимое всех файлов из папки /P/y20/term1/pr4/files я получил с помощью команды

/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta >> ~/term1/block1/credits/Kachkin_all.fasta

Всё содержимое каждого из файлов оканчивающихся на .fasta дописывается в нужный файл

Задание 4

Файл Xxxx_all.names, состоящий из строк файла Xxxx_all.fasta, начинающихся на знак ">" был получен командой

~/term1/block1/credits$ grep '^>' Kachkin_all.fasta > Kachkin_all.names

, которая перенаправляла stdout поиска в нужный файл.

1.fasta:1 Xax229_230.fasta:2 pan1_mouse.fasta:1 pan3_mouse.fasta:1

/P/y20/term1/pr4/files$ grep -c '^>' *.fasta|less

Считает количество строк начинающихся на > для каждого файла оканчивающегося на .fasta

Дополнительное задание

Команда:

/P/y08/Term_5/Materials$ grep '^ATOM' 1DLP.pdb|grep -c HIS
300

Ищет строки, начинающиеся на ATOM, и считает количество тех, в которых присутствует HIS. Получилось 300 HIS в структуре белка, представленного в 1DLP.pdb