Отчет по практикуму 13
Задание 1
Escherichia coli
ATG 3890
ATT 4
CTG 2
GTG 338
TTC 1
TTG 80
Candidatus Gracilibacteria
ACA 1
ATG 1129
GTG 41
TCA 1
TCT 1
TTG 23
Mycoplasma pneumoniae
AAA 1
ACA 1
ACT 1
ATA 3
ATC 1
ATG 627
ATT 7
CAA 1
CAC 1
CTA 1
CTC 3
CTG 2
GAA 1
GTG 60
GTT 1
TCC 2
TCT 1
TGA 1
TTA 1
TTC 1
TTG 49
- Согласно вычислениям, чаще всего у бактерий встречается все же старт-кодон ATG, поэтому можно предположить, что остальные кодоны являются точечными мутациями в генетическом коде бактерий, возможно эти мутации появляются для адаптации к условиям среды.
Задание 2
lcl|U00096.3_cds_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]
Из описания последовательностей следует, что стоп-кодон по середине последовательности кодирует селеноцистеин (Sec)
Задание 3
Escherichia coli
TGA 1246
TAA 2761
TAG 306
Candidatus Gracilibacteria
TGA 1
TAA 1000
TAG 188
Mycoplasma pneumoniae
TGA 0
TAA 526
TAG 220
Можно заметить, что у бактерий Candidatus Gracilibacteria и Mycoplasma pneumoniae "выпавшим" стоп-кодоном является кодон TGA. Это объясняется тем, что у Candidatus Gracilibacteria TGA кодирует глицин [1], а у Mycoplasma pneumoniae триптофан [2].
Задание 4
Escherichia coli
TTA 18505
TTG 18301
CTT 14728
CTC 14952
CTA 5203
CTG 71305
Candidatus Gracilibacteria
TTA 15077
TTG 8048
CTT 8053
CTC 4491
CTA 4861
CTG 4147
Mycoplasma pneumoniae
TTA 9246
TTG 6554
CTT 4623
CTC 2193
CTA 3505
CTG 3054
- Как можно заметить, в нуклеотидной последовательности Escherichia coli преобладает кодон, богатый C и G - CTG, в то время как две другие бактерии "предпочитают" кодон TTA. Данная особенность у бактерий напрямую связана с устойчивостью к изменению (главным образом - повышению) температуры окружающей среды - чем больше C и G, тем более она устойчива.
Задание 5
Задание 6
AAGGAG 328
TAAGGA 283
AGGAGA 255
CAGGAG 255
AAAGGA 224
AAGGAA 223
AGGAGT 214
GGAGAA 205
AGGAAA 189
ACAGGA 179
Эти последовательности - последовательности Шайна-Дальгарно. Проанализировав нуклеотидный состав можно предположить, что нуклеотидный состав последовательности Шайна-Дальгарно коррелирует с GC-составом.
Сопроводительные материалы
Скрипты можно найти перейдя по ссылке
Статьи
[1] Sieber CMK, Paul BG, Castelle CJ, Hu P, Tringe SG, Valentine DL, Andersen GL, Banfield JF. Unusual Metabolism and Hypervariation in the Genome of a Gracilibacterium (BD1-5) from an Oil-Degrading Community. mBio. 2019 Nov 12;10(6):e02128-19.
[2] Inamine JM, Ho KC, Loechel S, Hu PC. Evidence that UGA is read as a tryptophan codon rather than as a stop codon by Mycoplasma pneumoniae, Mycoplasma genitalium, and Mycoplasma gallisepticum. J Bacteriol. 1990 Jan;172(1):504-6.