Практикум 13

by Arina Adamovich

Задание 1

1. Старт-кодоны E.coli

ATG 3883

ATT 4

CTG 2

GTG 334

TTC 1

TTG 78

2. Старт-кодоны Candidatus

ACA 1

ATG 1129

GTG 41

TCA 1

TCT 1

TTG 23

3. Старт-колоны Mycoplasma

ACC 2

ATA 2

ATC 3

ATG 634

ATT 4

CTG 4

GTG 62

GTT 1

TTA 2

TTG 40

Все встреченные кодоны являются либо кодоном метионина (во всех случаях он самы популярный, что отражает его свойства как старта, либо полукомплементарными ему: получены в результате незначительной мутации.

Задание 2

В трех генах стоп-кодон не стоп-кодон, он кодирует аминокислоту селеноцистеин, который необходим для полноценной активности дегидрогеназы.

А в четвертой стоп-кодон входит в состав псевдогена, наверное, появился в результате мутации.

Задание 3

E.coli

TGA 1241

TAA 2756

TAG 303

Candidatus

TGA 1

TAA 1000

TAG 188

Mycoplasma

TGA 0

TAA 531

TAG 210

Пропал кодон TGА, точнее либо совсем, либо редко встречен. Видимо он приобретает какую-то другую функцию, что собственно и происходит, он начинает кодировать глицин у Candidatus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3619370/) и триптофан у Mycoplasma (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7691196/).

Задание 4

E.coli

TTA 18484

TTG 18283

CTA 5201

CTG 71198

CTC 14926

CTT 14719

Candidatus

TTA 15077

TTG 8048

CTA 4861

CTG 4147

CTC 4491

CTT 8053

Mycoplasma

TTA 8959

TTG 6679

CTA 3619

CTG 3220

CTC 2168

CTT 5267

у разных бактерий могут преобладать разные синонимичные кодоны например из-за GC-богатости. Использование разных кодонов может подстраиваться под количество соответствующих тРНК (удобнее держать их меньше в клетке).

А также нельзя исключать вероятность мутации и тд)

Задание 5

Результат представлен в таблице: https://docs.google.com/spreadsheets/d/16uBoQKebIGKv5jofZgpzg40WhZe-_9TL-4lo5F4YrCY/edit?usp=sharing

Минимум на графике соответствует точке начала репликации, а максимум – точке терминации.