Задание 1
Старт кодоны для:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
ATG – 3883
GTG – 334
TTG – 78
ATT – 4
CTG – 2
TTC – 1
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
ATG – 1129
GTG – 41
TTG – 23
TCA – 1
TCT – 1
ACA – 1
Mycoplasma pneumoniae M29
ATG – 634
GTG – 62
TTG - 40
ATT – 4
CTG – 4
ATC – 3
ATA – 2
ACC – 2
TTA – 2
GTT – 1
Причины отличных от ATG старт кодонов:
1)Может объясняться возможностью тРНК связываться с альтернативными нуклеотидами-случай с ATG подобными старт-кодонами
2)Возможно такие альтернативные старт-кодоны являются специфичным способом регуляции экспрессии генов-случай с более редкими старт-кодонами
Задание 2
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
Последовательностей где стоп-кодон не в конце всего 4.
1)lcl|U00096.3_cds_249 [pseudo=true][gbkey=CDS] по причине псевдогена
2)lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1457 [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha][gbkey=CDS];
lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3815 [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [gbkey=CDS];
lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3987 [protein=formate dehydrogenase H] [gbkey=CDS]
эти гены кодируют формиатдегидрогеназы,а они содержат селеноцистеин.А селеноцистеин кодируется стоп-кодоном TGA , потому что в своем коде не имеет кодона.
Задание 3
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
TGA 1200
TAA 2680
TAG 290
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
TGA 1
TAA 969
TAG 181
Mycoplasma pneumoniae M29
TGA 0
TAA 518
TAG 202
У последних двух бактериях TGA не стоп-кодон,а кодирует глицин источник туть
Задание 4
Лейцин кодируется-CTA ,CTC ,CTG , CTT,TTA, TTG
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
CTA - 5201
CTC - 14926
CTG - 71198
CTT - 14719
TTA - 18484
TTG - 18283
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
CTA - 3357
CTC - 3968
CTG - 1714
CTT - 9333
TTA - 14767
TTG - 3237
Mycoplasma pneumoniae M29
CTA - 2848
CTC - 3161
CTG - 2473
CTT - 2798
TTA - 10302
TTG - 5601
Почему
1)Cинонимичные кодоны используется с разной частотой в одной бактерии.Это вполне может являться защитой от бактериофагов, или же использование различных кодонов может подстраиваться под количество тРНК в клетке.
2) У разных бактерий эти паттерны частотности синонимичных кодонов могут меняться в связи с различными факторами(мутации, бактериофаги и т.д.).
Задание 5
Минимум есть точка начало репликации, а максимум точка терминации репликации
Задание 6
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
AAGGAG – 175
AAGGAG – 177
ATGAAA – 273
GAAAAA – 187
TGAAAA – 195
Эти последовательности являются последовательностями Шайна-Дальгарно,они обеспечивают связывание рибосомы с мРНК для дальнейшего протекания трансляции.