Задания по лекциям 5 и 6 (секвенирование)
Вариант 1
Взять любой протокол секвенирования (смотрите Enseqlopedia, статьи, …), но не из лекции
- Описать:
- Общую задачу (изучение сайтов связывания транскрипционных факторов, пространственной структуры хроматина, …)
- В общих чертах (без подробностей!!!) пробоподготовка и обработка
Как использовали метод, что показали в рамках 1–2 статей (ищите в PubMed)
Вариант 2
Возьмите любой ген (искать: HPA, GeneCards, Википедия, …)
- Кратко опишите функцию гена
Найдите ген в геномном браузере, приведите картинку
Подайте на вход сервису STRING
- Приведите полученный граф (можно увеличить)
- Опишите его (любой из вариантов вкладки Viewers)
- Найдите информацию о анализе вашего списка с помощью KEGG (вкладка Analysis)
- Попробуйте интерпретировать
Есть ли выбранный ген или генный продукт в HPA? Какая у него клеточная локализация?
Указания
При выполнении домашнего задания не стесняйтесь добавлять иллюстрации и рассуждения.
Вся информация, которую Вы взяли из внешних источников, должна содержать соответствующие ссылки.
Оформите домашнее задание в виде документа (.pdf). Назовите документ латинскими буквами по шаблону FBB_MFK_2024_<фамилия_имя>.pdf (например, FBB_MFK_2024_Ivanova_Anna.pdf). На первой странице документа укажите полностью свои фамилию, имя, курс и факультет. Отправьте на почту: azharikova89 AT gmail DOT com
Домашнее задание будет проверено, если понятно, что сделано:
- Описана задача: в чем заключалось задание
- Понятен ход рассуждения: что вы сделали для выполнения задания
- Присутствует логика изложения: каждое последующее действие вытекает из предыдущего
- Указаны все ссылки на внешние источники
- Есть минимальный анализ (ваш собственный!) результатов
НО! Это не курсовая! Без фанатизма! Рассчитывайте на 2–4 страницы.
Если есть вопросы — напишите мне!