Домашнее задание по лекциям 6 и 7 (секвенирование)
Вариант 1
Взять любой протокол секвенирования (смотрите Enseqlopedia, статьи, …), но не из лекции. Описать:
- Общую задачу (изучение сайтов связывания транскрипционных факторов, пространственной структуры хроматина, …)
- В общих чертах (без подробностей!!!) пробоподготовка и обработка
Как использовали метод, что показали в рамках 1–2 статей (ищите в PubMed)
Вариант 2
Возьмите любой ген (лучше человеческий); искать: HPA, GeneCards, Википедия, …
- Кратко опишите функцию гена
Найдите ген в геномном браузере, приведите картинку
Подайте ген на вход сервису STRING
- Приведите полученный граф (можно увеличить)
- Опишите его (любой из 8 вариантов вкладки Viewers )
- Найдите информацию об анализе полученного списка с помощью KEGG (вкладка Analysis). Попробуйте интерпретировать.
Есть ли выбранный ген или генный продукт (белок) в HPA? Какая у продукта клеточная локализация?
При выполнении домашнего задания не стесняйтесь добавлять иллюстрации и рассуждения.
Вся информация, которую Вы взяли из внешних источников, должна содержать соответствующие ссылки.
Домашнее задание будет проверено, если понятно, что сделано:
- Описана задача: в чем заключалось задание
- Понятен ход рассуждения: что вы сделали для выполнения задания
- Присутствует логика изложения: каждое последующее действие вытекает из предыдущего
- Указаны все ссылки на внешние источники
- Есть минимальный анализ (ваш собственный!) результатов
НО! Это не курсовая! Без фанатизма! Рассчитывайте на 2–4 страницы.
Оформите домашнее задание в виде документа в формате PDF. Назовите файл FBB_MFK_2023_Xxxxxxx.pdf, где Xxxxxxx — ваша фамилия.
Отправьте на почту: azharikova89@gmail.com до 15:00 19 апреля 2023.