МФК "Биоинформатика", весна 2017
Задания 6
Выберите три-пять белков человека и для каждого из них найдите ближайших родственников среди аннотированных белков бактерий и среди белков плодовой мушки (дрозофилы). Для каждого варианта поиска приведите общее количество находок и максимум информации о самой верхней в списке находке (что за белок, E-value находки, какой процент последовательности каждого из белков покрывает их выравнивание, какой процент одинаковых букв в выравнивании, сколько гэпов и т.д.).
Указания
Белки человека ищите в Uniprot, как в задании 1 (там в последнем абзаце текста написано, как искать по имени белка в заданном организме). Ограничьтесь разделом Reviewed (гиперссылка слева). Выпишите коды доступа (AC) выбранных белков — шесть символов в колонке Entry на странице с находками (первый символ — всегда буква, причём чаще P или Q, но бывает O, A и другие).
Зайдите на сайт https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ , пройдите по ссылке "Protein BLAST".
- В верхнее окошко скопируйте коды доступа выбранных белков человека, по одному в строке.
- В окошке Database выберите UniProtKB/Swiss-Prot (аннотированные белки)
- В окошке Organism начните набирать слово Bacteria и, когда появятся варианты, щёлкните по подходящему.
- Нажмите кнопку BLAST и подождите некоторое время.
- Находки для каждого из входных белков будут на отдельных вкладках, переключение вкладок — в меню против "Results for:" в верхней части страницы с результатом.
- Если находок много, то их количество проще всего определить, щёлкнув по "Select: All", появится число выделенных находок.
- Имеет смысл посмотреть, куда ведут различные гиперссылки на странице.
- Для поиска по белкам дрозофилы нужно повторить все действия, начиная с п. 2, заменив в пункте 4 слово Bacteria на слово Drosophila.