МФК "Биоинформатика"
Домашнее задание 1
Зайдите на сайт банка Uniprot http://www.uniprot.org/ .
Попробуйте, пользуясь поиском, ответить на вопросы:
- сколько альфа-цепей и сколько бета-цепей гемоглобинов млекопитающих описано в базе?
есть ли среди них цепи гемоглобинов представителей отряда броненосцев (Cingulata)? Если да, подравняйте их последовательности к последовательностям приматов, грызунов и слонов (из презентации).
- сколько описано цепей гемоглобинов человека (есть ли ещё субъединицы гемоглобина, помимо альфа и бета, и как они называются?) Попробуйте выяснить что-нибудь о роли какого-нибудь из них в организме.
В качестве дополнительного задания: найдите описание и последовательность ещё какого-нибудь известного вам белка.
Ответы и материалы (последовательности) присылайте на адрес sas@belozersky.msu.ru . Важно: в ответах скриншоты страниц и copy-paste английского текста не принимаются, нужно описывать то, что удалось понять, своими словами (скриншоты можно включать в ответ, но они не заменяют связного текста, а могут лишь иллюстрировать его).
Подсказки
На главной странице Uniprot найдите гиперссылку Advanced, откроется форма поиска.
Давайте считать, что альфа-цепи гемоглобинов имеют идентификатор ("Entry name"), начинающийся с "HBA_". Значит, чтобы найти все альфа-цепи млекопитающих, нужно выбрать в верхнем левом окошке формы поиска Entry name[ID] и против него написать HBA_* (звёздочка заменяет любые символы), а в следующем окошке слева выбрать Taxonomy[OS] и против него начать писать латинское название таксона: Mammalia – появится список вариантов, из которого нужно выбрать очевидный (название Mammalia вместе с номером этого таксона в базе).
После завершения поиска найдите на открывшейся странице общее число находок.
Аналогично с бета-цепями – HBB_*.
Вместо Mammalia можно вводить другие таксоны (например, Cingulata).
Когда будете подравнивать последовательность броненосца, имейте в виду, что чтобы буквы в подравненных последовательностях не съезжали друг относительно друга, нужно представлять их шрифтом постоянной ширины (в MS-Word это, например, Courier New).
Чтобы найти все гемоглобины человека, можно в качестве таксона указать род Homo, а вместо Entry name[ID] искать по Protein name[DE] слово hemoglobin. Внимание: не всё, что так найдётся, будет цепями гемоглобина, читайте краткие описания. Совет: после того, как откроется страница с находками, найдите слева гиперссылку Reviewed и щёлкните по ней (неаннотированные белки – Unreviewed – нам пока не нужны).