Kodomo

Пользователь

Практикум по биоинформатике для студентов первого курса магистратуры кафедры вирусологии

Сентябрь 2018 г.

Проводят:

Сергей Александрович Спирин (sas@belozersky.msu.ru)

Андрей Владимирович Алексеевский (aba@belozersky.msu.ru)

Программа

Результаты



Занятие 1. Банки последовательностей и поиск по аннотации

5 сентября 2018, среда, 9:00 – 12:30

С.А.Спирин, А.В.Алексеевский

Коды и названия канонических аминокислот

[презентация (DBs)]   [задания]   [указания]   [файл X00218.embl]   [файл J02459.embl]


Занятие 2. Выравнивание. Молекулярная филогения. Поиск по сходству: BLAST

20 сентября 2018, четверг, 10:00 – 13:30

С.А.Спирин, А.В.Алексеевский

[задания]   [презентация (выравнивания, филогения)]   [презентация (BLAST)]   [последовательности для п. 5]  


Занятие 3. Работа с пространственными структурами

27 сентября 2018, четверг, 10:00 – 14:00

С.А.Спирин, А.В.Алексеевский

[задания, часть 1]   [презентация (PDB, Jmol)]   [FAQ по Jmol]   [презентация (домены, совмещение)]   [задания, часть 2]   [последовательность для задания 6]  


Зачётное задание

Цель: для вирусного белка охарактеризовать несколько консервативных позиций с использованием пространственной структуры гомолога.

  1. Выберите любой вирусный белок, у которого есть гомолог с известной пространственной структурой. Условия: структура самого белка неизвестна, процент идентичности с гомологом из PDB не менее 40%. Используйте BLAST по банку PDB.

  2. Найдите несколько (5--10) гомологов этого белка у других вирусов. Выбирайте гомологов с процентом совпадающих остатков 30%--50%.
  3. Постройте выравнивание белка и его гомологов, включая тот гомолог, для которого есть структура.
  4. Выберите 5 консервативных позиций в выравнивании и выделите их в структуре средствами Jmol.

  5. Для объяснения причин консервативности исследуйте контакты выбранных остатков с другими остатками или лигандами.

Результат должен включать:

Предостережения.

Вопросы по заданию и методам его выполнения можно будет задать после занятия.