Практикум по биоинформатике для студентов каф. вирусологии

Сентябрь 2016 г.

Проводят:

Сергей Александрович Спирин (sas@belozersky.msu.ru)

Андрей Владимирович Алексеевский (aba@belozersky.msu.ru)

Евгений Алексеевич Аксянов (evaksianov@gmail.com)

Результаты

Программа

Тема 1. БД последовательностей и поиск по ключевым словам

14 сент. 2016, среда, 9:00 - 12:30

С.А.Спирин, А.В.Алексеевский

Коды и названия канонических аминокислот

[презентация (DBs)]   [Задания]   [Указания]   [файл X00218.embl]   [файл J02459.embl]  

Тема 2. Выравнивание. Молекулярная филогения. Поиск по сходству: BLAST

21 сент. 2016, среда, 9:00 - 12:30

С.А.Спирин, Е.А.Аксянов, А.В.Алексеевский

[презентация (выравнивания)]   [презентация (BLAST)]   [задания]   [последовательности для 5.]   [последовательность для 6.]

Тема 3. Пространственные структуры. PDB. Jmol. PDBeFold.

28 сент. 2016, среда, 9:00 9:00 - 12:30

С.А.Спирин, Е.А.Аксянов, А.В.Алексеевский

[Презентация по Jmol]   [Задания]   [Команды Jmol] [FAQ по Jmol]

[FAQ по PyMol]

Зачётное задание

Цель: для вирусного белка охарактеризовать несколько консервативных позиций с использованием пространственной структуры гомолога.

1. В геноме выбранного вами вируса найдите белок, у которого есть гомолог с известной пространственной структурой.
2. Найдите несколько (5-10) гомологов этого белка у других вирусов. Выбирайте гомологов с процентом совпадающих остатков 30%-50%.
3. Постройте выравнивание белка и его гомологов, включая тот гомолог, для которого есть структура.

4. Выберите 5 консервативных позиций в выравнивании и выделите их в структуре средствами Jmol.

5. Для объяснения причин консервативности исследуйте контакты выбранных остатков с другими остатками или лигандами.

Результат должен включать:

• выравнивание в формате JalView с отмеченными позициями;

• скрипт для Jmol, который выделяет на выбранной структуре консервативные остатки;

• протокол, в котором должны содержаться:
  • информация о том, как называются белки, из каких вирусов эти белки, их идентификаторы в БД последовательностей;
  • PDB код 3D-структуры, к какому вирусу она относится;
  • рисунок, полученный из структуры средствами Jmol, с выделенными консервативными остатками;
  • предположение о том, почему остатки консервативны. Кроме структуры, можно использовать данные из литературы и из аннотаций записи с последовательностью белка. Указать источник обязательно.

Предостережения.

• Будьте внимательны при установлении соответствия между буквами в последовательности и остатками в структуре!
• Консервативные позиции выравнивания надо выбирать так, чтобы соответствующие остатки были представлены в структуре!

Вопросы по заданию и методам его выполнения можно будет задать после занятия.