Практикум по биоинформатике для студентов кафедры вирусологии
Заведите на диске H в директории Virology свою поддиректорию (латинскими буквами!), а в ней файл XXXXX_Protocol.doc или XXXXX_Protocol.txt. Здесь XXXXXXX – ваша фамилия латинскими буквами, например Ivanov (чтобы у нас не перепутались файлы). Помимо ответов на вопросы, заносите в протокол имена создаваемых файлов и другую информацию о сделанных заданиях (при проверке откроем ваш протокол, и будем смотреть на то, что в нем указано).
Обязательные задания по банкам данных и SRS
- С помощью SRS найдите в разделе STD банка EMBL запись, описывающую геном какого-либо вируса.
Выбор вируса – за вами. Лучше выбирайте вирусы с небольшим геномом – менее 15 000 п.н.
Сохраните в рабочую директорию выбранный геном в двух форматах – EMBL (полную запись) и fasta. Названия файлов — XXXXXXX_AAAAAAA_genome.embl, XXXXXXX_AAAAAAA_genome.fasta, где AAAAAAA – код доступа записи EMBL с геномом вируса, например, JX453331.
- Кратко опишите в протоколе геном вируса (название вируса, таксономия, число пар нуклеотидов, число описанных в записи генов и закодированных белков).
- Скопируйте из Uniprot файлы с полной записью и с последовательностью в fasta-формате одного из белков вируса. Опишите в протоколе всю понятную вам информацию из записи Uniprot.
Названия файлов — XXXXXXX_AAAAA.uniprot, XXXXXXX_AAAAA.fasta; AAAAA – код доступа записи Uniprot. Выбор белка – за вами. Выбирайте белок, про который хоть что-то известно (есть название, отличное от "unknown protein").
- С помощью SRS найдите и сохраните в файле в формате fasta последовательности из Uniprot 10–15 белков, имеющих такое же название, что и выбранный вами белок (см. 4.) и принадлежащий вирусам из того же семейства, что и выбранный вами вирус (см. 2.). Уровень родства и название белка можно, при необходимости, разумно варьировать.
Имя файла – XXXXXXX_TTTTTTT_prot.fasta, где TTTTTT – краткое название семейства.
Если закончите в классе, вышлите нам протокол и файлы.
Если нет, скопируйте их на флешку или перешлите себе и доделывайте дома.