Автоматизация подготовки данных для молекулярной динамики
Задача: автоматизировать действия, описанные в протоколах1. Фактически, 3/4 задания – разобраться, чего же требуется сделать. Большинство требуемых действий переводятся на питон тривиально.
Приблизительная тема: много раз подряд вызывать разные программы, делать простые текстовые преобразования PDB-файлов.
Пожелания:
- программа должна требовать как можно меньше внимания пользователя
- программа должна использовать как можно больше встроенные возможности питона (см. напр., os.popen, urllib2), и как можно меньше os.system
Более точную постановку задачи можно вытащить из:
- Сергея Миторофанова
- Андрея Викторовича Головина (правда, по словам Сергея, Головин не готов уделять много внимания этой задаче)
- См.: /P/y06/Term5/Practices/Pr_{12,13,14,15}
Авторство протоколов -- Андрея Головина; пометки о том, как это можно сделать -- Сергея Митрофанова. Так как я не знаю, не против ли они публикации этих текстов в открытом доступе, для того, чтобы прочитать протоколы нужно влогиниться на вики -- ссылка на логин в меню справа (1)