Kodomo

Пользователь

Задание r4: статистика FASTA-файла

В файле r4.py напишите программу, которая выдаёт статистику по FASTA-файлу: число последовательностей в файле, для каждой последовательности её название и длину. Программа должна быть корректным UNIX-скриптом, т.е., если в командной строке UNIX, находясь в рабочей директории задания, набрать ./r4.py, то она должна запуститься и корректно отработать. Программа получает файл в FASTA-формате на стандартный вход.

Бонусная часть: программа принимает аргументы командной строки: -f – имя FASTA-файла. Если флаг -f не указан, программа получает файл в FASTA-формате на стандартный вход.

Пример использования программы:

$ seqret 'sw:zzz*' out.fasta
Reads and writes (returns) sequences
$ cat out.fasta | ./r4.py
ZZZ3_HUMAN 903
ZZZ3_MOUSE 910

Базовая оценка: 6 баллов.

Оценка за бонусную часть: +4 балла.