Занятие 7.

Краткое содержание: Исключения.

План рассказа

• Зачем нужны исключения
• Как пользоваться исключениями

• Отлов исключений:

     1 try:
     2   x = something_faulty()
     3   print x # or something
     4 except Exception, e:
     5   x = None
     6   print "something failed"
  

• Выброс исключений:

     1 def something_faulty():
     2   import random
     3   x = random.normalvariate(1, 1)
     4   if abs(x) > 3:
     5     raise Exception, "random value too big"
     6   return abs(x)
  

• Ещё пример:

     1 def read_file(name):
     2   file = open(name)
     3   data = file.read().split("\n")[1].split()[0]
     4   flie.close()
     5   return data
     6 
     7 ...
     8 options, args = parser.parse_args()
     9 try:
    10   data = read_file(options.input_file)
    11 except Exception, e:
    12   print "Could not read data from file"
    13   sys.exit()
  

Обязательно научиться

Задачи

• см. рейтинговые задачи

• см. зачётные задания (не забудьте договориться о том, в каком составе вы их решаете и сообщить мне; вероятно, я скажу какие-нибудь полезные слова напутствия)

Напишите скрипт visalign.py для pymol. Скрипт определяет команду visalign, которая получает три аргумента: имя FASTA-файла, название цепочки, название создаваемого выделения. FASTA-файл должен содержать выравнивание ровно двух последовательностей, относящихся к разным белкам; частью имени записи в FASTA-файле является PDB-код последовательности. Команда visalign должна записывать в названное выделение те основания, которые не совпадают в выравнивании. Если в FASTA-файле нету подходящей последовательности, скрипт не создаёт выделение и сообщает об ошибке.

Подсказки:

• cmd.get_names("objects") возвращает список имён загруженных PDB-файлов (если загружены PDB-файлы)

• cmd.get_model(SELECTION).atom есть список структур для каждого атома выделения. В частности, для каждого a из cmd.get_model(SELECTION).atom верно, что a.resn есть трёхбуквенный код аминокислоты.

• Функции Bio.PDB.Polypeptide.three_to_one и Bio.PDB.Polypeptide.one_to_three конвертируют трёхбуквенный код аминокислоты формата PDB в однобуквенный код аминокислоты формата FASTA и обратно.

Пример использования:

• в командной строке UNIX:

  $ wget 'http://www.rcsb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=fastachain&compression=NO&structureId=1NKZ&chainId=A' -O 1nkz_a.fasta
  ...
  $ wget 'http://www.rcsb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=fastachain&compression=NO&structureId=1IJD&chainId=E' -O 1ijd_e.fasta
  ...
  $ cat 1ijd_e.fasta 1nkz_a.fasta > x.fasta
  $ dialign2-2 -fa x.fasta

• затем в командной строке PyMol:

  run H:\Python\visalign.py
  fetch 1nkz
  visalign x.fa, mismatch, a
  color grey, all
  color red, mismatch