Занятие 6.

Краткое содержание: Введение в программирование для PyMol

План рассказа

• Простой пример: расстояния между атомами

     1 from pymol import cmd
     2 prev_atom = None
     3 for atom in cmd.index("name ca"):
     4         if prev_atom:
     5                 print cmd.get_distance(atom, prev_atom)
     6         prev_atom = atom
  

• Пример определения команды pymol:

     1 from pymol import cmd
     2 def print_lengths():
     3         prev_atom = None
     4         for atom in cmd.index("name ca"):
     5                 if prev_atom:
     6                         print cmd.get_distance(atom, prev_atom)
     7                 prev_atom = atom
     8 cmd.extend("print_lengths", print_lengths)
  

• Пример с iterate_state и stored:

     1 from pymol import cmd, stored
     2 
     3 class CA(object):
     4         def __init__(self, chain, resi):
     5                 self.chain = chain
     6                 self.resi = resi
     7         def select(self):
     8                 return "name ca & chain %s & resi %s" % (self.chain, self.resi)
     9 
    10 stored.ca = []
    11 cmd.iterate("name ca", "stored.ca.append(CA(chain, resi))")
    12 
    13 prev = None
    14 for atom in stored.ca:
    15         if prev != None and prev.chain == atom.chain:
    16                 print cmd.get_distance(atom.select(), prev.select())
    17         prev = atom
  

Полезные команды

• index(selection) -> [...]

• iterate(selection, pymol_cmd_str)

• alter(selection, pymol_cmd_str)

• iterate_state, alter_state

• get_model(selection) -> [...]

• get_*

Обязательно научиться

• Работе с pymol.cmd
• pymol.cmd.extend
• pymol.stored

Задания

• Напишите скрипт angles.py, который считает углы между соседними C-alpha атомами цепи

• Переделайте этот скрипт так, чтобы он определял в pymol команду, которая считает углы между C-alpha атомами
• Допишите к скрипту самодокументацию и doctest.

Полезные ссылки

• Введение в программирование для PyMol – текст, близкий по содержанию к занятию

• Список команд PyMol

• Опубликованные PyMol скрипты – иногда полезно подглядывать на то, как похожая задача уже решена, и вообще лучше всегда не изобретать велосипеды.