Kodomo

Пользователь

Моделирование самосборки липидного бислоя

  1. Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md
  2. Вам даны файлы:

    • дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp.

    • параметры для липидов lipid.itp.

    • координаты одного липида dppc.gro.

    • Файл-заготовка тополгии системы b.top.

    • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.

    • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp.

    • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp.

скачайте их в рабочую директорию.

  1. Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию. 
     cd Ivanov/md
  2. На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами. 
    genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4

c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol.

  1. В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
  2. Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды. 

editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5

  1. Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул. 

grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v

Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.

  1. Добавим в ячейку молекулы воды типа spc. 

genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
  1. Проведём "утряску" воды: 

grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v

  1. Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчёт.

  2. Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернёмся на kodomo. 

ssh skif
mkdir Ivanov
exit
  1. Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию: 

cd ..
scp -r md/* skif:Ivanov/
  1. Запускаем моделирование на суперкомпьтере. 

ssh skif
cd Ivanov
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
mpirun  -np 16 -maxtime 1200  /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v

Запишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счёта можно в файле mdrun_mpi.out-.... 

less mdrun_mpi.out-....
Нажмите shift+. для перехода в конец файла.