Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023
Пояснения
1. Программа
Использование программы должно быть удобно для пользователей. Следует подумать о том
- все ли требования к входным файла оговорены в инструкции
- удобно ли запускать и перезапускать программу с теми же или отличными входными файлами
- удобно ли использовать выходную таблицу для анализа
2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей разными программами
ручным методом в Jalview (можно использовать сервис [ VerAlign ]. Минимально, следует найти несколько участков совпадения выравниваний и участков несовпадения.
В этом варианте ожидаю сравнения двух пар выравниваний и заключение по ним.
- с помощью программы для сравнения выравниваний. Этот вариант предпочтителен.
В этом случае получаете таблицу номеров одинаково выровненных колонок. Из этой таблицы легко находятся блоки подряд идущих одинаково выровненных колонок, их положение в выравнивании; также участки, в которых нет одинаково выровненных колонок.
Интерес - в сравнении нескольких пар разных программ по параметрам которые сумеете извлечь из статистических данных. И сделаете вывод о программах - чем их выравнивания отличаются. Подтверждением выводов могут быть визуально проверенные примеры. В описании полезно показать их на рисунках.
Следует сделать ссылку на Jalview проекты со сравниваемыми выравниваниями - чтобы легко было проверять.
3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием MSA
Выбираете семейство Pfam, в котором есть 3D структуры разных белков семейства.
Именно разных белков, а не разных расшифровок одного и того же белка.
Минимум трёх.
Постройте совмещение в пространстве полипептидных цепей сравниваемых структур. При этом C_alpha атомы расположенные рядом считаются выровненными. Таким образом строится выравнивание последовательностей.
В PDB доступно совмещение только пар структур (Заходим на сайт PDB -> Навигация наверху страницы -> Analyze -> Pairwise Structure Alignment). Можно задать три (A, B, C) или более pdb кодов на вход. Тогда первый белок A считается референсом и строится совмещение A с B и A c С. Выдаётся два выравнивания: B с референсом A и C с референсом A. Из выравниваний A с B и A с C можно построить выравнивание A, B и C в Jalview.
Также можно построить выравнивание A, B и C одной из программ MSA. Задача - сравнить их и написать выводы.
Получить парные совмещения структур можно в pymol с помощью команды align, но эта команда сначала выполняет выравнивание последовательностей, а уже потом делает наложение структур. В этом задании мы советуем использовать программы выравнивания структур, которые не опираются на выравнивания последовательностей.
4. Кратко опишите одну из программ MSA
Это задание на работу с литературой. Поиск в google по имени программы - с этим, верю, справитесь)))
Поиск статей в Pubmed - посложнее. Учитесь! Можете спрашивать меня, помогу если смогу.
Для того чтобы получить соответствующие выравнивания в команде align используем аргумент "object", затем File -> Export Alignment.