Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

Семестр 7. Структурная биоинформатика

Информация

Ведомость

Записаться в очередь на проверку

Задать вопрос преподавателям

Правила курса

Экзамен

Проекты

Блок 1. Введение и повторение

Лекция 1. Зачем нам информация о структуре.

4 и 5 октября 2022, А. С. Злобин

[ Презентация ]

— 

Лекция 2. Внутримолекулярное и межмолекулярное распознавание

11 октября 2022, А. С. Злобин

[ Презентация ]

Блок 2. Методы получения структур биомолекул

Лекция 3. Рентгеноструктурный анализ, начало

12 октября 2022, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)

[ Презентация ]

— 

Семинар 1 по РСА

18 октября 2022, А.С.Злобин, С.А.Спирин

Лекция 4. Рентгеноструктурный анализ, продолжение

19 октября 2022, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)

[ Презентация ]

ДЗ 1. PyMol, знакомство

Мягкий дедлайн 2 ноября 2022, жесткий дедлайн 9 ноября 2022

[ Задание ]

— 

Семинар 2 по РСА

25 октября 2022, А.С.Злобин, С.А.Спирин

Лекция 5. Рентгеноструктурный анализ, завершение

26 октября 2022, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)

[ Презентация ]

ДЗ 2

11 ноября 2022 / 18 ноября 2022

[ Задание ]

— 

Семинар 3 по РСА

1 ноября 2022

Лекция 6. Валидация моделей

2 ноября 2022, В.Д.Маслова

[ Презентация ]

ДЗ 3

16 ноября 2022 / 23 ноября 2022

[ Задание ]

— 

Лекция 7. ЯМР

8 ноября 2022, К.С.Минеев (ИБХ РАН)

[ Введение (САС) ] [ Презентация Минеева ]

Лекция 8. КриоЭМ

9 ноября 2022, В.Маслова

[ Презентация ]

— 

Коллоквиум

15 ноября 2022

Вопросы

Коллоквиум

16 ноября 2022

ДЗ 4

29 ноября 2022 / 6 декабря 2022

[ Задание ]

— 

Блок 3. Структурная биология и биоинформатика

Лекция 9. AlphaFold

22 ноября 2022

[ Презентация ]

Лекция 10. Дизайн-1

23 ноября 2022

[ Презентация ]

ДЗ 5

6 декабря 2022 / 13 декабря 2022

[ Задание ]

— 

Лекция 11. Дизайн-2

29 ноября 2022

Презентация прежняя

Лекция 12. Водороды, разметка

30 ноября 2022

[ Презентация ]

ДЗ 6

15 декабря 2022 / 22 декабря 2022

[ Задание ]

— 

Лекция 13. Поверхности, карманы связывания

6 декабря 2022

[ Презентация ]

Лекция 14. Вторичная структура

7 декабря 2022

[ Презентация ]

ДЗ 7 (UPD: Опциональное)

ProteinsPlus не работает. Ищу альтернативу, дедлайн будет сдвинут или отменен. Stay tuned. Часть про докинг можно сделать и без выделения карманов – сделайте ее и ждите апдейта.

15.12 – ожил. ДЛ соответственно двигаем на +1 неделю, если он снова не упадет. Поиски альтернатив продолжаю.

Альтернатива (хорошая) для поиска карманов и вычисления их объема – https://durrantlab.pitt.edu/fpocketweb/

Альтернатива (посредственная) для построения карт взаимодействий – https://www.playmolecule.com/PlexView/

Если DiffDock ни в какую не работает, см Webina

29 декабря 2022 / 5 января 2022

[ Задание ]

— 

Лекция 15. Третичная структура, выделение доменов. Пространство укладок

13 декабря 2022

[ Презентация ]

Лекция 16. Подобие структур. Структурные выравнивания

14 декабря 2022

[ Презентация ]

ДЗ 8 [ UPD: Опциональное ]

29 декабря 2022 / 5 января 2023

[ Задание ]

— 

Лекция 17. Структура/функция, эволюция

20 декабря 2022

[ Презентация ] [ Motif Search ]

Лекция 18. Подвижность, регуляция и эволюция структур

21 декабря 2022

ДЗ 9 [ опционально ]

3 января 2023 / 10 января 2023

[ Задание ]

— 

Свободный микрофон, флуд, чай с печеньками

27 декабря 2022

Свободный микрофон, флуд, чай с печеньками

28 декабря 2022

2019/7 (последним исправлял пользователь alexander.zlobin 2023-01-01 13:48:41)