Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

Напишите (мини-) обзор данных, доступных в результате секвенирования генома данной вам бактерии или археи

Доступные данные

В словарик

Оформление мини-обзора

'Зачётные задания по блоку 3' (см. Подсказки как поставить ссылку)

Образцы

[ Bioinformatics ] [ JBCB ]

Разделы мини-обзора

Заголовок (Title) Придумайте сами. Например, "Обзор протеома бактерии ..."

Автор — это Вы.

Резюме (Abstract) Краткое описание работы. Должно быть написано так, чтобы было более или менее понятно, что, для чего и как вы делали, и что получилось. Объём резюме — не более 50 слов.

Ключевые слова 3–6 слов, не более. Служат для поиска литературы

Введение (Introduction) Задача данного раздела — ввести читателя в курс дела и объяснить, для чего была сделана работа. Объяснение типа "Нам задали написать обзор" — не то, что требуется.

В этом разделе стоит написать коротко, что известно про бактерию и/или про её геном, обязательно со ссылками на источники! В конце введения нужно написать одну-две фразы о том, что сделано в вашей работе.

Материалы и методы (Materials and methods) Укажите веб-адрес, откуда скачивались материалы.

В данном отчёте следует указать какие возможности ЭТ использовались в каком разделе обработки данных. Нужно для зачета соответствующих умений, если все в порядке. Если написали скрипты для обработки данных, то укажите какие и что делают.

Опишите не очевидные ваши действия. Например, как определяли рибосомальные белки, трансмембранные белки, какие строчки таблицы считали псевдогенами и др.

Всё очень коротко.

Результаты (Results) Понятное описание ваших результатов. Понятное — значит, состоит из грамматически корректных фраз русского языка. Нельзя написать "Геном — 4123500п.н., генов — 3021, РНК — 63" так как это не фраза, читатель ничего не поймет :(. Результаты нужно разделить на подразделы. Например, Гистограмма длин белков и др. Результаты лучше всего представлять в виде таблиц и рисунков. Однако в тексте отчета обязаны быть ссылки на каждую таблицу и каждый рисунок. Например, такие "Как видно на Рис.2, в геноме бактерии чаще всего встречаются белки из 700–800 аминокислотных остатков."

Обсуждение (Discussion) Обсуждение полученных результатов, того, как они вписываются в картину мира. Часто раздел содержит гипотезы и теории автора, которые они предлагают для объяснения результатов.

Вам, конечно, нужно обсудить, какие выводы вы можете сделать из таблиц и гистограмм. Напишите, белки какой длины встречаются чаще всего. Опишите особенности распределения белков по длинам, которые показались вам интересными/удивительными/странными. Ваши суждения об распределении генов по цепям ДНК. Все, что найдёте интересного!

Допустимый вариант — объединить разделы "Результаты" и "Обсуждение" в один: "Результаты и обсуждение". Так иногда поступают в статьях в научных журналах.

Заключение (Conclusion) Краткое заключение. Можете опустить, если что-то похожее есть в конце обсуждения.

Сопроводительные материалы (Supplementary materials) Ссылка на файл .xlsx, в котором приведены все расчеты. Оформление файла должно быть понятно читателям!

Благодарности (Acknowledgments) Обычно благодарят тех, кто помогал в работе, в подготовке публикации, или спонсировал исследования.

Конфликт интересов Можете опустить :)

Список литературы (References) Список ссылок на статьи, книги, сайты и др., которые были использованы (упоминались) в тексте.

Содержание мини-обзора

Какие навыки работы с ЭТ засчитываются на основе файла из Сопроводительных материалов

как минимум один рисунок (гистограмма — это тоже рисунок) и одну таблицу.

Minimum minimorum результатов для зачёта обзора

  1. Гистограмма длин белков из протеома своей бактерии или археи.
  2. Таблица числа генов белков, псевдогенов и генов РНК на прямой и комплементарной цепочках ДНК.
  3. Число гипотетических (hypothetical или ... сами попробуйте выбрать) белков в геноме и процент ото всех белков.
  4. Число рибосомальных (ribosomal) белков и рибосомальных РНК, закодированных в геноме. Их названия.

Варианты того, что можно исследовать дополнительно

  1. Проверьте гипотезу о том, что гены белков распределены по цепочкам случайно с вероятностями 1/2.
  2. Изучите "квазиопероны" в геноме вашей бактерии или археи. Статистика числа генов в квазиоперонах.
  3. Почему бы не сравнить числа генов белков в шести рамках считывания? Вдруг что-нибудь неожиданное обнаружится.
  4. Гистограмма длин межгенных промежутков.
  5. Статистика белков по категориям достоверности их существования.
  6. Вот какие категории можно постараться выделить и вычислить число белков в какой-нибудь категории.
    • ATP synthases —- белки, составляющие большую машину с тем же названием, которая умеет синтезировать молекулы АТФ, служащих для запасании энергии
    • ATPases — белки, использующие энергию АТФ путем расщепления молекулы АТФ (АТФ = ATP)
    • trasporters — транспортеры, белки, участвующие в обмене чрез мембрану.
    • transmebrane proteins — белки, пронизывающие мембрану бактерии, включают транспортеры, каналы и рецепторы, передающие сигналы из внешней среды в цитоплазму
    • regulator — скорее всего, такой термин встречается у белков – регуляторов транскрипции
    • А кстати, хорошо бы найти РНК полимеразы, белки, участвующие в репликации генома, молекулярные моторы ....
    • Придумайте лучше сами. Я устал и мне хочется спать. (Вам знакомо это состояние? ААл)
  7. Собственные вопросы автора и ответы на них идут с двойным баллом.