Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Используйте ваш PDB файл, выбранный согласно требованиям.

Изучите файл структурных факторов

1. Скачайте файл и сохраните в формате Excel

Колонки: h, k, l, status (если есть), F, sigmaF

Файл структурных факторов скачивается из PDB. Для pdb кодов, известных серверу EDS, он должен присутствовать в PDB. Файл так и называется "Structure factors". Он текстовый, в формате mmCIF

2. Рассчитайте процент "хороших" структурных факторов (имеющих силу сигнала больше 3)

Условно, измерение структурного фактора считается хорошим, если его значение в три раза или больше превосходит среднее квадратичное (sigmaF) нескольких его измерений

В файл Excel добавьте колонку "сила сигнала"

3. Приведите пять примеров "пропущенных" троек h,k,l

Тройка точно пропущена, если ее нет среди измеренных структурных факторов,но есть измеренный структурный фактор (h',k', l') с h'≥h, k'≥k, l'≥l.

Примечание С.А.С.: на самом деле не точно. Во-первых, всегда есть нижняя граница разрешения (рефлексы, попадающие на заглушку). Во-вторых, бывают исключения, связанные с симметрией кристалла. Например, могут быть приведены значения только для чётных l при данных h и k, это на самом деле не значит, что нечётные пропущены.

В отчёт включите:

В mmCIF формате: