2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 8
Отчёт по заданиям №1 и №2 (в виде одной HMTL-странички) вы защищаете (т.е. рассказываете преподавателю, который будет проверять, в чем состояло задание и что вы сделали) на коллоквиуме 6 апреля
Обратите внимание: формальное (но правильное) выполнение заданий - т.е. корректное заполнение всех таблиц, по абзацу текста, описывающего что в каждой из них приведено, к каждому заданию - это минимальный балл для зачета. Для получения полного балла и дополнительных баллов требуется привлекать дополнительную информацию, написать свои выводы и т.п.
1. Отнесение вашего белка к терминам GO
Цель задания – описать, какие термины GO относится к белку, который был выдан вам в 1 семестре (далее он будет называться "ваш белок")
Важно! Если мера сходства вашего белка и белка из БД GO, с вашей точки зрения, недостаточна для того, чтобы переносить термины GO с одного на другой, выберите в качестве исходного белка тот, который был выдан вам в практикуме №6 (по трансмембранным белками). Обязательно отразите этот факт в отчете. Если ни тот, ни другой белок, с Вашей точки зрения, не подходят для выполнения задания, напишите на почту мне (ДД), выдам другой.
Пример подзаголовка для данного задания: "Отнесение белка <НАЗВАНИЕ ВАШЕГО БЕЛКА> из <ОРГАНИЗМ> к терминам GO"
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST обнаружьте в БД GO белок, который наиболее похож на ваш. Посмотрите выравнивание (BLAST match), сравните организм, к которому принадлежит находка, с организмом, к которому принадлежит Ваш белок. На страничке отчета укажите величину e-value для наилучшей находки и скажите, является ли найденный в БД GO белок тем же самым, что и Ваш (если нет - то оцените меру их сходства).
Перейдите на страничку белка-находки (щелчок по названию в таблице с результатами BLAST, потом вкладка N term associations) и заполните Таблицу 1 в отчете. Чтобы узнать идентификатор Uniprot белка-находки, перейдите на вкладку Gene product information, и ищите слово Uniprot.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P0ACJ8 (CRP_ECOLI) <вставьте идентификаторы белка-находки по принципу AC (ID)>
Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
Биологический процесс (Biological process) |
GO:0000001 |
Unknown GO term |
Неизвестно что |
IEA |
... |
... |
... |
... |
... |
Для всех кодов типов достоверности, которые встречаются в вашей Таблице 1, заполните Таблицу 2 и приведите ее в отчете. Объяснение пишите, пожалуйста, своими словами, таким образом, чтобы на коллоквиуме вы смогли объяснить преподавателю, что означает данный код.
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение |
IEA |
Inferred from Electronic Annotation |
Данный код присваивается в случае, когда... |
... |
... |
... |
Напишите абзац (или несколько) СВЯЗНОГО ТЕКСТА, объясняющего, что именно Вы сделали; в этом тексте должны вводиться таблицы 1 и 2, а также содержаться любая другая дополнительная информация, ваши выводы и т.п.
2. Описание термина GO
Цель задания – описать любой термин GO из тех, которые относятся к вашему белку (см. задание №1).
Совет: Если задание выполняете не одновременно с первым, то, дабы не повторять поиск BLAST, можно найти нужный термин с помощью текстового поиска по названию. Искать нужно тут: http://amigo.geneontology.org/amigo/search/ontology
Пример подзаголовка для данного задания: "Описание термина GO:0000001 (<НАЗВАНИЕ НА АНГЛ. ЯЗ., перевод>)"
Заполните Таблицу 3 и приведите ее в отчете. Информацию о родителях и потомках см. на вкладке Ancestors and Children.
Вставьте в отчет рисунок, изображающий отношения данное термина с его родителями (вкладка Graph Views, выберите там любой удобный; советую попробовать OLSVis (interactive), даже если потом выберите не его, он забавный!..). В подписи к рисунку должно быть пояснено, каким цветом обозначены какие отношения в графе.
Сопроводите Таблицу 3 и Рисунок 1 в отчете СВЯЗНЫМ ТЕКСТОМ, объясняющим что было сделано, а также раскрывающим смысл типов отнесения, которые встречаются на рисунке. Приветствуется привести и дополнительную информацию (со ссылками на источники), ваши выводы относительно того, насколько информация из БД GO для вас как для биолога тривиальна/корректна/ошибочна и т.п.
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0000001 (<НАЗВАНИЕ НА АНГЛ. ЯЗ., перевод>)
Свойство |
Значение |
Идентификатор (Accession) |
GO:0000001 |
Название (Name) |
... |
Аспект онтологии (Ontology) |
... |
Синонимы (Synonyms) |
... |
Определение (Definition) |
... |
Комментарий (Comment) |
... |
Число родителей (из них - логически определенных) |
10 (8) |
Число потомков (из них - логически определенных) |
5 (0) |