2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 6. Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
1. Определите, в каких метаболических путях участвует ваш фермент
Ваш фермент – тот же, что в предыдущем задании.
В документе Swiss-Prot с описанием белка найдите ссылку на KEGG (идентификатор гена в KEGG имеет вид "hsa:1234"; в данном случае "hsa" означает организм Homo sapiens).
Откройте главную страничку KEGG и проведите поиск гена по его KEGG-идентификатору.
В открышемся документе найдите описание метаболических путей ("Pathways"), ассоциированных с геном. Для каждого из них запишите в отчет идентификатор KEGG, английское и русское название. Карту первого из найденных путей (только не общую карту "Metabolic pathways"!) сохраните в виде графического файла, со ссылкой из текста отчёта.
Если для вашего фермента метаболические пути не указаны, обязательно отметьте это в отчёте!
2. Найдите в KEGG структурные формулы заданных соединений
В таблице найдите против своего номера два названия химических соединений.
С главной страницы KEGG пройдите по гиперссылке "KEGG2" ("KEGG Table of Contents"), а с открывшейся страницы – по гиперссылке "KEGG LIGAND". Проведите поиск каждого из веществ по базе лигандов (предварительно выясните, как пишутся по-английски названия этих соединений!).
В отчете для каждого соединения нужно привести следующие сведения:
- названиe на русском и английском языках,
- идентификатор (начинается с "С", например, у рибозы идентификатор C00121),
- структурную формулу.
3. Найдите метаболический путь от одного заданного вещества к другому
С главной страницы KEGG пройдите по гиперссылке "KEGG PATHWAY". Найдите гиперссылку "Search&Color Pathway" и проследуйте по ней.
В поле запроса введите найденные в предыдущем упражнении идентификаторы соединений. Укажите, что хотите раскрасить первое соединение красным, а второе – зеленым (синтаксис показан на примерах справа от поля запроса). После ввода запроса на экране появится список карт. Вам нужны те, после названия которых указано "2", что означает, что в ней присутствуют оба соединения (кроме общей карты "Metabolic pathways"). Убедитесь в том, что оба вещества присутствуют под своими именами и окрашены. Попробуйте найти путь, соединяющий два вещества. Если такового явно нет, попробуйте другую карту.
Будьте внимательны! Следите за направлением стрелок, некоторые реакции идут только в одну сторону! Если возможно несколько путей – выбирайте кратчайший.
Определите, есть ли направление у найденного пути. Другими словами, ведет ли путь от первого заданного соединения ко второму, или от второго – к первому, или, возможно, все реакции идут в обоих направлениях, и, соответственно, направления нет.
Результат внесите в отчет, укажите название карты, названия заданных соединений, а между ними стрелочку, показывающую направление. Например:
Выбранная цепочка ферментативных реакций Карта: фиксация углерода при фотосинтезе. Путь: рибулозо-1,5-бис-фосфат → глицероальдегид-3-фосфа
Найденный путь надо отметить на карте. Если подвести курсор к любому интермедиату на карте, высветится код данного соединения. Выпишите коды всех промежуточных соединений. Вернитесь к страничке с запросом, введите идентификаторы как заданных соединений, так и всех промежуточных. Укажите, что хотите отметить все промежуточные соединения желтым цветом. Раскраска же заданных исходно соединений должна зависеть от направления: если направления у пути нет, то оба выделите зеленым цветом, а, если есть, то начальное выделите красным, а конечное – зеленым. Раскрашенную карту сохраните как графический файл (рекомендуется формат PNG), с гиперссылкой из текста отчёта
4. (* дополнительно). Ваше мнение о KEGG
Изучите ещё какие-нибудь возможности, предоставляемые сайтом KEGG. Изложите ваше представление о том, для каких задач, возникающих в работе молекулярных биологов, KEGG может быть полезен, а также своё мнение о качестве его веб-интерфейса.