2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Материалы к самостоятельной работе по аннотации участка генома
Перед началом работы проверьте свою квоту и, если она превышена, просто перенесите энное количество файлов в директорию E:\Public (а после окончания работы — обратно :).
Используйте подсказки к занятиям 5--7.
Чем больше вы успеете к концу занятия, тем выше будет оценка. Но не надо торопиться за счет снижения качества!
Подсказки
- Как получить полный протеом сенной палочки в fasta-формате?
Используйте возможности EMBOSS. Команда
seqret sw:*_ABCDE
вытащит из банка Swiss-Prot и поместит в указанный вами файл последовательности всех белков, имеющих идентификаторы, заканчивающееся на ABCDE. Поскольку сенная палочка — хорошо изученный организм, практически весь её протеом помещён в Swiss-Prot. Вспомните, как устроены идентификаторы записей Swiss-Prot, описывающих её белки!
- Как получить последовательности открытых рамок?
Для вырезания своего фрагмента используйте опцию -sask программы seqret. Для получения последовательностей трансляций открытых рамок используйте, как и в первом упражнении занятия 7, программу getorf. Если что-то забыли, запустите команду
getorf -help
и изучите, что означают значения, которые можно придавать параметрам find, table и minsize.
Если вам приятнее не сразу задавать значения параметров в командной строке, а отвечать на вопросы программы, можно запустить getorf с опцией -opt, тогда программа сама спросит о значениях всех параметров (это касается всех программ пакета EMBOSS).
Про программы и опции пакета BLAST+ читайте в подсказках к заданию 6, тексте задания 7 и в help'ах самих программ. Про то, как написать и запустить скрипт, кратко написано здесь.
Нарисовать схему генов можно и в каком-нибудь графическом редакторе или воспользовавшись "рисовалкой", встроенной в Word, но, как представляется, для отчёта в HTML-формате проще и аккуратнее будет воспользоваться тегом <PRE> и "нарисовать" всю картинку из ASCI-символов.
Кстати, если кто не знает, похожий эффект в Word'е достигается сменой шрифта абзаца, который хочется превратить в подобного рода "картинку", на шрифт постоянной ширины, например "Courier New".