2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 13: исследование вторичной структуры заданного белка.
Создайте директорию Н:\Term1\Block3\Practices\Practice12, а в ней – файл протокола, файл secondary.html. HTML-страничку делайте на основе ранее созданного шаблона.
1. Создайте общее описание вторичной структуры заданного вам белка
Получите изображение цепи А в ленточной модели с ленточками толщины, например, 150. Раскрасьте по структуре. Подберите ракурс, в котором лучше всего видны разные элементы вторичной структуры и экспортируйте изображение в графический файл формата GIF. Прикрепите картинку к протоколу.
Определите количество спиралей, β-тяжей и реверсивных поворотов (β-поворотов) в данной цепи. Запишите это в протокол. Определите, к какому типу структур относится данный белок, к α-спиральным белкам, к β-структурным белкам, к α/β-белкам или к α+β белкам. Ваш вывод и его обоснование приведите в протоколе. Смотрите подсказки.
2. Выберите элементы вторичной структуры, для каждого элемента определите множество атомов остова, используйте эти множества в дальнейшей работы.
Смотрите подсказки и рекомендации.
В протокол запишите :
- для исследования выбраны элементы вторичной структуры:
- α-спираль 12-25 (номера а.о),
- β-тяж .....
- β-поворот .....
3. Создайте картинки, иллюстрирующие свойства выбранной альфа-спирали.
Создайте скрипт helix.spt. В первой строчке задайте команду, определяющую множество атомов остова выбранной спирали (см. подсказки к упр.2). Далее внесите команды, последовательно порождающие следующие изображения:
- вся цепь А в ленточной модели, выбранная спираль выделена цветом,
- только выбранная альфа-спираль на белом фоне,
- остов выбранной альфа-спирали представлен в толстой проволочной модели (например, wireframe 50) с раскраской по атомам;
- показаны водородные связи между атомами остова; около каждого атома Сα указан номер остатка;
- то же, но уменьшена толщина проволочной модели, добавлены атомы Сβ в виде небольших красных шариков, соединенных тонкими линиями с атомами Сα
Оба изображения нужно экспортировать в виде картинок, где оси спиралей вертикальны, а N-конец спирали находится внизу. В протокол внесите паттерн Н-связей (см. подсказки) и описание расположения атомов Сβ относительно спирали.
4. Создайте картинки, иллюстрирующие свойства выбранного бета-тяжа
- Определите множество атомов, в которое входят не только атомы остова выбранного бета-тяжа, но и 2-х соседних тяжей (по одному слева и справа в бета-листе).
- Получите картинки, аналогичные двум последним картинкам для альфа-спирали.
- Прикрепите их к отчету.
Определить паттерн Н-связей здесь гораздо сложнее, это не обязательное задание, а вот описать расположение атомов Сβ относительно "плоскости" бета-листа нужно.
5. Создайте изображение реверсивного поворота.
Оставьте на экране изображение достаточно длинной петли, поворачиваюшейся на 180°. Представьте ее в виде остовной модели (backbone).Около каждого атома Сα укажите имя остатка и его номер. Атомы остова поворота покажите в толстой проволочной модели с раскраской по атомам. Определите, какие а.о. согласно программе RasMol образуют поворот, запишите последовательность в протокол, пример:
выбранный Сβ-поворот — Asp211Pro212Ala213.... Определите, есть ли Н-связь в повороте, способная "скрепить" поворот.
Дополнительные упражнения
6. Определите параметры выбранной спирали: шаг, число элементов на виток и *радиус, см. подсказки
В отчете опишите ход вычислений, результаты, приведите картинки, иллюстрирующие ваш подход к вычислению.