Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

sed

  1. Прочитайте man про sed. Обратите внимание на флаг -i.
  2. (1 балл) Вам дана питонская программа. Посчитайте в ней число строк, за вычетом комментариев и пустых строк. (Комментариями в питоне в данном случае считаются: от # до конца строки, от ''' до ''', от """ до """).

  3. (0.3 балла) Дан файл с интронами из amoeboaphilidium (это организм такой). Какие самые слова длины 4 или 5 бывают в начале и в конце интрона?

  4. (0.3 балла) Напишите программу на sed, которая конвертирует FASTQ-файл в FASTA-файл (и просто игнорирует при этом качество). Для простоты (что вполне жизненно) считается, что каждая запись в FASTQ-файле состоит из ровно четырёх строк: заголовок, тело, +, качество. Пример FASTQ-файла

  5. (0.4 балла) Прочитайте man по sed про команду s. Выдайте названия (т.е. ту часть URL, которая после /wiki) подстраниц http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/, на которые есть ссылки со студенческих страниц вашего года (т.е. в /home/students/y10/*/public_html).

  6. (2 балла) Прочитайте man по sed про команду N. Напишите на sed программу, которая конвертирует FASTQ в FASTA, но при этом выводит только те последовательности, для которых качество всех букв выше 30 (т.е. удовлетворяет выражению [?@A-J]).