Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Анализ результатов моделирование ДНК формамиде.

Начните просмотр результатов с изучения файла dna_md.log

  1. Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.

   1        trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol

   1        trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans

  1. Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.

   1        g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1

   1        g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400

  1. Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.

   1        g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg

  1. Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
  2. Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:

   1        g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna -b X
   2        где X это величина в пикосекундах  для начала анализа.

Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выаодами