Программирование в PyMOL

Полезные ссылки

• Конспект 2009 года (тут человекочитаемый текст)

• Материалы 2009 года (тут много полезных ссылок)

• Материалы 2010 года (тут много примерно тех же полезных ссылок)

План рассказа

• run (яп python) vs @ (яп pmlscript)
• from pymol import cmd
• iterate, alter, iterate_state, alter_state
  • локальное пространство имён: что есть, куда девается
  • stored (pymol.stored)
  • rebuild
  • sorted(vars()): ['ID', 'alt', 'b', 'cartoon', 'chain', 'color', 'elec_radius', 'elem', 'flags', 'formal_charge', 'index', 'label', 'model', 'name', 'numeric_type', 'partial_charge', 'q', 'rank', 'resi', 'resn', 'resv', 'segi', 'ss', 'state', 'text_type', 'type', 'vdw', 'x', 'y', 'z']
• cmd.get_*: distance, angle, dihedral
• cmd.extend("cmd", func)
• cmd.get_model([selection], [state])

  • atom, get_coord_list(), nAtom, фигня ненужная: add_atom(a), insert_atom(in, a), delete_atom(index)

    • ['b', 'chain', 'coord', 'elec_radius', 'flags', 'formal_charge', 'hetatm', 'id', 'index', 'name', 'numeric_type', 'partial_charge', 'q', 'resi', 'resi_number', 'resn', 'segi', 'ss', 'stereo', 'symbol', 'u_aniso', 'vdw']
    • get_mass(), get_implicit_valence()
  • bond, nBond, add_bond(b), remove_bond(index)
  • _: molecule, index
  • cmd.load_model(model, object)
• chempy
  • cpv
  • neighbor
• index vs id

Контрольная работа

0. Имя:

1. Опишите функцию min, которая ведёт себя так же, как и встроенная функция min:

      1 >>> min(1,-2,3)
      2 -2
      3 >>> min([1,2,-3])
      4 -3
      5 >>> min(1)
      6 ... ERROR: 1 is not a list ...
   

2. Опишите функцию natural_numbers, которая возвращает бесконечный список из всех натуральных чисел в порядке возрастания:

      1 >>> zip(natural_numbers(), ["a", "b", "c"])
      2 [(1,"a"), (2, "b"), (3, "c")]
      3 >>> len(zip(natural_numbers(), range(1000)))
      4 1000