Указания к занятию 1

  1. Как добыть нужный документ UniProt?

    Пусть код доступа (AC) вашей записи P0X000 (разумеется, везде надо будет подставлять данный Вам AC).

    В адресную строку браузера введите следующий URL: http://www.expasy.ch/uniprot/P0X000.txt
    В основном окне появится текст записи. Сохраните его (посредством меню Page/File→Save As или просто скопируйте содержимое окна браузера в редактор).

     

  2.   Описание полей и их меток см. здесь.

     

  3. Как пользоваться поиском по UniProt на сайте Expasy?

    Зайдите на сайт Expasy:
    http://www.expasy.ch/
    (не удивляйтесь, что брaузер автоматически перебрасывает Вас на корейское или австалийское зеркало — так уж устроен этот сайт...). В верхней части страницы увидите Search...for... В окошке Search выберите Swiss-Prot/TrEMBL, а в окошко for введите запрос — одно или несколько слов из описания вашего белка, нажмите "Go".

    В верхней части страницы с результатами поиска (между двумя горизонтальными линиями) найдите информацию о числе находок.

    Рекомендуется (особенно если описание вашего белка длинное, включает несколько синонимов и/или выражения вида "EC 1.2.1.17") попробовать несколько запросов и отразить это в отчётной таблице.

    Для информации.

    – В поле DE записи SwissProt варианты описания (т.е. синонимы) заключены в круглые скобки. Если описываемый белок является ферментом, то одним из синонимов будет код фермента согласно международной классификации (EC).
    – В списке находок, выдаваемом сервисом Expasy, каждый идентификатор записи банка оформлен как гиперссылка. Эта гиперссылка ведет на html-страничку, содержащую информацию из записи, оформленную в специальном "дружественном к пользователю" виде. Имеет смысл изучить такую страничку и возможности, там предоставленные.