Поиск производился по банку данных Swiss-Prot.

Был проведен поиск для трех последовательностей:

1. случайно выбранного участка длиной 30 аминокислот последовательности белка TolB
2. того же самого участка, с внесенными в него тремя заменами (также произвольно выбранными)
3. случайно выбранного участка длиной 10 аминокислот

Последовательность, для которой проводился поиск

Порядковый номер хита

Процент совпадающих остатков в выравнивании

Вес выравнивания

E-value

30 аминокислот (MKQALRVAFGFLILWASVLHAEVRIVIDSG)

1

100%

50

1e-06

30 аминокислот с 3 заменами (MKQAGRVAFGFLILGASVLGAEVRIVIDSG)

1

90%

50

1e-06

10 аминокислот (RVAFGFLILW)

3

2850

Cлучайная замена трех аминокислот на другие не сильно влияет на результаты поиска. Белки, найденные при первом поиске, найдены также при втором, где к ним добавляются ещё один белок. Цена выравнивания введенных последовательностей с найденной последовательностью моего белка при первом поиске - 50, при втором - 50, что достаточно удивительно, ведь, казалось бы, после 3-х замен стоимость выравнивания с тем же белком должна бы уменьшиться. Большое различие в этих значениях объясняется тем, что были проведены замены аминокислот на далекие.

При проведении поиска гомологов последовательности из десяти аминокислот (RVAFGFLILW) со значением порога E-value 10000 мой белок приводится третьим в списке из 14 хитов, причем в списке только три белка со схожей функцией из других организмов, в остальном представлены белки, никак с TolB не связанные.

Видимо, что последовательность из 10 остатков является в некоторой мере специфичной для моего белка и его гомологов, однако похожие встречаются и у других белков.

BLAST не является инструментом для поиска ортологов. При проведения поиска по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis в числе первых двадцати записей, в названии которых встречалось слово RbsR (т.е. которые потенциально являются ортологами исходного белка) было обнаружено:

1. белки из самого Bacillus subtilis с другими функциями (т.е. не ортологи по определению);
2. белки из других организмов, но с иными функциями (в то время как для ортологов характерно сохранение функции);
3. белки из других организмов с той же функцией, т.е., вероятно, ортологи нашего.

Вывод: BLAST конечно же не является прямым инструментом для поиска ортологов. Его задача - поиск гомологии, однако кроме ортологов существуют и другие широкие классы гомологии (например, паралоги), а специальных механизмов для автоматической классификации классов гомологии в данной системе не существует. Поэтому для ответа на поставленный вопрос совершенно не обязательно было проводить исследование на конкретном белке - ответ и так в достаточной мере понятен. Естественно, BLAST может использоваться для поиска ортологов нахождением гомологов и какой-либо дальнейшей их классификации.