Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей
Работа с прoграммами:
|
Последовательности, для которых строилась матрица переходов: FLILW и LIL. |
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: |
вес совпадения = 2 |
Выравнивание, соответсвующее оптимальному пути: |
|
Вес оптимального пути: 2 |
Последовательности, для которых строилась матрица переходов: KQALRVAFG и QAAFG. |
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: |
вес совпадения = 2 |
Выравнивания, соответсвующие оптимальному и субоптимальному пути: |
|
и |
|
Вес оптимального пути: 6 Вес субоптимального пути: 4 |
MKQALRVAFGFLILWASVLHAEVRIVIDSGVDSGRPIGVVPFQWAGPGAAPEDIGGIVAA
DLRNSGKFNPLDRARLPQQPGSAQEVQPAAWSALGIDAVVVGQVTPNPDGSYNVAYQLVD
|
и |
RVAFGFLILWRLPATDGQVK |
Выравнивания matcher, показывают, что третья последовательность состоит из двух участков первой. |
Первый участок |
10 TolB RVAFGFLILW :::::::::: seq3 RVAFGFLILW 10 |
Второй участок |
420 TolB RLPATDGQVK :::::::::: seq3 RLPATDGQVK 20 |
Третий участок
410 TolB LVSTDGRFK : .:::. : seq3 LPATDGQVK 20
Номер выравнивания |
Название матрицы замен |
Штраф за открытие делеции |
Штраф за продолжение делеции |
1 |
EBLOSUM62 |
10 |
1 |
2 |
EBLOSUM40 |
1 |
1 |
Первое выравнивание |
TolB 1 MKQALRVAFGFLILW-ASVLHAEVRIVIDSGVDSGRPIGVVPFQWAGPGA 49 |||||||||| ......:|: seq3 1 RVAFGFLILWRLPATDGQVK 20 TolB 50 APEDIGGIVAADLRNSGKFNPLDRARLPQQPGSAQEVQPAAWSALGIDAV 99 seq3 21 20 TolB 100 VVGQVTPNPDGSYNVAYQLVDTGGAPGTVLAQNSYKVNKQWLRYAGHTAS 149 seq3 21 20 TolB 150 DEVFEKLTGIKGAFRTRIAYVVQTNGGQFPYELRVSDYDGYNQFVVHRSP 199 seq3 21 20 TolB 200 QPLMSPAWSPDGSKLAYVTFESGRSALVIQTLANGAVRQVASFPRHNGAP 249 seq3 21 20 TolB 250 AFSPDGSKLAFALSKTGSLNLYVMDLASGQIRQVTDGRSNNTEPTWFPDS 299 seq3 21 20 TolB 300 QNLAFTSDQAGRPQVYKVNINGGAPQRITWEGSQNQDADVSSDGKFMVMV 349 seq3 21 20 TolB 350 SSNGGQQHIAKQDLATGGVQVLSSTFLDETPSLAPNGTMVIYSSSQGMGS 399 seq3 21 20 TolB 400 VLNLVSTDGRFKARLPATDGQVKFPAWSPYL 430 seq3 21 20 |
Второе выравнивание |
TolB 1 MKQALRVAFGFLILWASVLHAEVRI--VIDSG-VDSGRPIGVVPFQWAGP 47 |||||||||| |: . | | | : seq3 1 RVAFGFLILW--------RLPAT-D-GQV---K 20 TolB 48 GAAPEDIGGIVAADLRNSGKFNPLDRARLPQQPGSAQEVQPAAWSALGID 97 seq3 21 20 TolB 98 AVVVGQVTPNPDGSYNVAYQLVDTGGAPGTVLAQNSYKVNKQWLRYAGHT 147 seq3 21 20 TolB 148 ASDEVFEKLTGIKGAFRTRIAYVVQTNGGQFPYELRVSDYDGYNQFVVHR 197 seq3 21 20 TolB 198 SPQPLMSPAWSPDGSKLAYVTFESGRSALVIQTLANGAVRQVASFPRHNG 247 seq3 21 20 TolB 248 APAFSPDGSKLAFALSKTGSLNLYVMDLASGQIRQVTDGRSNNTEPTWFP 297 seq3 21 20 TolB 298 DSQNLAFTSDQAGRPQVYKVNINGGAPQRITWEGSQNQDADVSSDGKFMV 347 seq3 21 20 TolB 348 MVSSNGGQQHIAKQDLATGGVQVLSSTFLDETPSLAPNGTMVIYSSSQGM 397 seq3 21 20 TolB 398 GSVLNLVSTDGRFKARLPATDGQVKFPAWSPYL 430 seq3 21 20 |
Изменение штрафа за гэп оказывает сильное влияние на соответствие остатков в выравнивании.
|
- в первом выравнивании число гэпов минимально, |
- второе же выравнивание включает в себя большее число рассредоточенных гэпов, |
Переход на главную страничку здесь.