На страницу седьмого семестра
Кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)
Задание 1
Построение электронной плотности вокруг а.о. MAF_BACSU
Пример, когда остаток хорошо вписан в электронную плотность:
Уровни подрезки - 1.5,1,0.3, соответственно - бежевый, зелёный, синий.
Пример, когда остаток плохо вписан в электронную плотность:
Уровни подрезки - 1.5,1,0.3, соответственно - бежевый, зелёный, синий.
Задание 2
Определение параметров элементарной ячейки
Строка, описывающая ячейку в PDB файле:
CRYST1 62.660 86.010 93.940 90.00 90.00 90.00 P 21 21 21 1
Откуда, стороны ячейки в ангстремах - первая тройка значений (62.660, 86.010, 93.940), вторая тройка - углы между сторонами в градусах. P- тип симметрии ячейки (primitive). Число мономеров в ячейке - 1. Ячейка ортогональная, белок - в центре.Задание 3
Окружение белковой молекулы
Изображение окружения:
symexp s, maf, (maf), 5
Белок контактирует с 6 молекулами белка. Критерий - нахождениена расстоянии меньше 5 Ангстрем.
Задание 4
Работа с файлом структурных факторов.
В файле, описывающем структурные факторы, присутствуют следующие поля:
_refln.wavelength_id _refln.crystal_id _refln.index_h _refln.index_k _refln.index_l _refln.F_meas_au _refln.F_meas_sigma_au _refln.status
_refln.F_meas_au - показывает значение измеренной амплитуды рефлекса. Всего рефлексов- 40372. Максимальное значение амплитуды - 573,52(при стандартном отклонени 24,31, поле _refln.F_meas_sigma_au ). Минимальное значение амплитуды -10,82(sigma = 210,29 )