На страницу седьмого семестра
Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным
Задание 1
Мой белок - MAF_BACSU. PDB ID - 1ex2. Разрешение PDB файла - 1.85 А.1) Изображение электронной плотности на цепи А. Уровень - 1.1.
isomesh map_all, 1ex2, 1.1, chain a , 0.1
2) Были выбраны остатки: GLU`34;LYS`35;LEU`36;ASN`37.
Общее изображение электронной плотности вокруг этих остатков.
Электронная плотность GLU'34:
бежевый - isomesh r1, 1ex2,1 , chain a and resi 34, 0.1 зелёный - isomesh r2, 1ex2,1.5 , chain a and resi 34, 0.1 синий - isomesh r3, 1ex2,0.2, chain a and resi 34, 0.1
Электронная плотность LYS`35:
бежевый - isomesh r1, 1ex2,1 , chain a and resi 35, 0.1 зелёный - isomesh r2, 1ex2,1.5 , chain a and resi 35, 0.1 синий -isomesh r3, 1ex2,0.2, chain a and resi 35, 0.1
Электронная плотность LEU`36:
бежевый - isomesh r1, 1ex2,1 , chain a and resi 36, 0.1 зелёный - isomesh r2, 1ex2,1.5 , chain a and resi 36, 0.1 синий -isomesh r3, 1ex2,0.2, chain a and resi 36, 0.1
Электронная плотность ASN`37:
бежевый - isomesh r1, 1ex2,1 , chain a and resi 37, 0.1 зелёный - isomesh r2, 1ex2,1.5 , chain a and resi 37, 0.1 синий -isomesh r3, 1ex2,0.2, chain a and resi 37, 0.1
Ещё раз весь участок цепи целиком:
бежевый - isomesh r1, 1ex2,1 , chain a and resi 36, 0.1 зелёный - isomesh r2, 1ex2,1.5 , chain a and resi 36, 0.1
На мой взгляд, из имеющих данных электронной плотности построить структуру было бы довольно тяжело. Например, на изображении 35-го лизина, более высокая электронная плотность остатка сосредоточена не там, где указаны координаты атомов остатка. Более электроотрицательные атомы имеют большую электронную плотность, однако, их положение в структуре не всегда определяется более точно, ример - 36-й лейцин, положение кислорода. Установить положение остова цепи возможно более точно, нежели координаты атомов боковых цепей.