На главную страницу На страницу шестого семестра |
Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP |
Файлы по практикуму.
Задание 1Дано вещество: 1,2-dimethoxyethane.Наши действия: 1) Разбить вещество на два мономера (остатка). 2) Расчитать частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу. 3) Построить запись для остатка (rtp) в силовом поле amber99sb. 4) Провести подготовку системы с водным раствором димера, т.е. 1,2-диметоксиэтана. 4) Расчитать энернгию сольватации с шагом lambda 0.1. Т.е. запустить 10 траекторий молекулярной динамики.Как делали:
|
|
© Zhuravleva Katya, 2009 |