На страницу шестого семестра
Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
Задание 1
Будем изучать как реализован контроль температуры в молекулярной динамике на примере GROMACS. Объект исследования - одна молекула этана.Создадим индекс файл котором будет группа из одной молекулы этана.
make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx
Выберем остаток номер 1. Создадим gro файл с одной молекулой и зададим ячейку .
editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx
#зададим ячейку и расположим молекулу по центру ячейку
editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -c
Визуальный анализ. Для каждой из 5 систем проведена конвертация в pdb.
метод Берендсена - молекула вращается на одном месте метод "Velocity rescale" - молекула вращается то менее то более интенсивно метод Нуза-Хувера - молекула вращается по связи с-с метод Андерсена - молекула почти не движется, дрожит метод стохастической молекулярной динамики - молекула сильно бегает и вращается
Сравним потенциальную энергию связи и кинетическую энергию для каждой из 5 систем.На графиках красным- изменение потенциальной энергии, зелёным- кинетической.
Рассмотрим распределение длинны связи С-С за время моделирования. Сначала создадим индекс файл с одной связью. Построим графики распределения длинн связей.
Mетод Берендсена
Mетод "Velocity rescale"
Mетод Нуза-Хувера
Mетод Андерсена
Метод стохастической молекулярной динамики
Выводы
Распределение Больцмана:
Больше всего на распределение Больцмана похожи графики методов "Velocity rescale", Нуза-Хувера, метод стохастческой молекулярной динамики. По-видимому именно они моделируют естесственное изменение температуры лучше всего.