На главную страницу
На страницу шестого семестра

Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

Задание 1

Азулен и нафталин

                
Smiles:
    Azulene : C1=CC=C2C=CC=C2C=C1
    Napthalene: c1ccc2ccccc2c1
Использовали obgen:
obgen x.smi -ff UFF > x.mol
Использовали силовое поле UFF, т.к. в нём молекулы получаются плоскими в данном случае.
Нафталин:

Азулен 

Файл x.mol перекодировали в mop:
babel -imol x.mol -omop x_opt.mop -xk PM6

Запустили MOPAC:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
export MOPAC_LICENSE=/home/preps/golovin/progs/bin
MOPAC2009.exe x_opt.mop

файл x.mol перекодировали в mop:
babel -imopout x_opt.out -ogamin x_opt.inp
В файлы x_opt.inp изменяли заголовок.
     $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
     $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6  $end
     $system mwords=2 $end
     $DATA
Получили входные файлы для оптимизации геометрии средствами GAMESS.
     gms x_opt.inp  1 >& x_opt.log
x_opt.log перекодировали в x_hf.inp и x_tfp.inp 
     babel -igamout x_opt.log -ogamin x_hf.inp
     cp x_hf.inp x_tfp.inp
Cоставим входные файлы для расчёта энергии. По два файла на каждую молекулу, в первом случае - расчёт методом Хартри-Фока, а во втором - используя теорию функционала плотности. Для расчёта по Хартри-Фоку составим файл с таким заголовком: 
$CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY $END
$BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6
 POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
$GUESS  GUESS=HUCKEL $END
$system mwords=2 $end
$DATA
В случае теории функционала плотности заголовок будет таким: 
     $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   dfttyp=b3lyp RUNTYP=ENERGY $END
     $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6
     POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
     $GUESS  GUESS=HUCKEL $END
     $system mwords=2 $end
     $DATA
В каждом случае запускали GAMESS. Была составлена таблица энергий. (1 Хартри = 627.509469 ккал/моль)

Вещество

Хартри-Фок

DFT

Naptdalene

-383.3545956298

-385.6398088793

Azulene

-383.2824690219

-385.5857491456

Разница энергий по DFT- 0,054059734Б, а по Хартри-Фоку - 0,072126608.( В ккал/моль - 33,92299479 и 45,26012942 соответственно) Метод DFT лучше, так как его результат лучше согласуется с экспериментальным значением энергии изомеризации нафталина в азулен 35.3±2.2 kCal/mol.



© Zhuravleva Katya, 2009