На главную страницу На страницу шестого семестра |
Работа с Pymol |
Задание 1SculptingПриложение для игры с геометрией молекулы. Меняются углы, длины связей, можно как угодно выворачивать молекулу.Задание 2MutagenesisНаш белок 1LMP, его лиганды-NAG (N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE) и NDG (2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE) Оценим поверхность связывания лигандов с белком. На картинке изображены возможные взаимодействия. Для мутации выберем 52 остаток аспарагина,положительно заряженный, заменим его, например, на неполярный глицин. После мутации, площадь взаимодействия уменьшилась, так как геометрически глицин меньше аспарагина, меньшее кол-во связей удерживают молекулу лиганда. Задание 3Создание анимационного роликаC помощью команд mset, mview, super, translate был создан анимационный ролик. Совмещение структур белков с мутацией и без неё.Ccылка на видео. Задание 4Введение флуорусцентной метки TAMRAК 41 остатку глутоминовой кислоты была присоединена флуоресцентная метка.Задание 5Создание полиаланиновой спиралиСкрипт. |
|
© Zhuravleva Katya, 2009 |