На страницу шестого семестра
Знакомство с Pymol
Занятие 1
Загрузили структуру белка 1OKO, оставили одну его субъединицу А, выделили множества атомов лигандов(кальций и галактоза), задали множества для возможных доноров и акцепторов водородной связи, нашли связи между лигандами и белком.Фрагмент кода:
fetch 1oko
sel a, a//
sel gal, a/gal/
sel ca, a/ca/ca
select don, (name n, name o and (neighbor hydro))
select acc, (elem o or (elem n and not (neighbor hydro)))
dist a_Ca, Ca, (a and don), 3.2
dist Ca_a, Ca, (a and don), 3.2
dist a_Gal, Gal, (a and don), 3.2
dist Gal_a, Gal, (a and acc), 3.2
bg_color white
Атом кальция координирован связями с 104 THR и 36 TYR белка. Галактоза- водородной связью с тем же тирозином, на изображении также отображены связи с водой.