На страницу четвёртого семестра
Пакет Pftools
Задание 1
Выравнивание .msf было подано на вход программы pfw, выходной файл в отличии от исходного имеет пересчитанные веса строк, в исходном файле веса всех строк- единицы. Программой pfmake был создан профиль. Программой pfscale профиль был нормирован. scaled.prfПоиск произведен по ненормированному профилю, с порогом 5.
Анализ результатов
Ссылка на файл Excel rocz3.xlsx
Характеристика использованного профиля, при пороге = 5: Число верных находок ("True positive hits", TP) -155
Число ложных находок ("False positive hits", FP) -588
Число ненайденных белков подсемейства (ложноотрицательных результатов, "False negatives" FN) -0
Чувствительность TP/(TP+FN) -1
Селективность TP/(TP+FP) - 0,208
И наиболее близкие характеристики профиля к паттерну,полученному на первом занятии - при пороге 16,7 (Чувствительность = 0,8; Селективность= 0,92)
Дополнительные задания