На страницу четвёртого семестра
EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути)
1) Сбор информации о своем белке:
1) Мой белок MAF_BACSU не является ферментом. Для белка LUXS_BACSU EC=4.4.1.212)Расшифровка кода
EC 4 Lyases Лиазы
EC 4.4 Carbon-Sulfur Lyases Лиазы, щепящие связь углерода с серой.
EC 4.4.1 (only sub-subclass identified to date) (на данный момент известен только один подподкласс данного подкласса)
EC 4.4.1.21 S-ribosylhomocysteine lyase S-рибозилгомоцистеин лиаза
3)Катализируемая реакция S-(5-deoxy-D-ribos-5-yl)-L-homocysteine = L-homocysteine + (4S)-4,5-dihydroxypentan-2,3-dione
bsu00270 Метаболизм цистеина и метионина.
2) Нужно было найти, есть ли цикл Кребса(Krebs cycle) у клостридий(Clostridium Acetobutilicum), воспользовавшись KEGG.
Цикла Кребса у клостридий нет. На схеме зелёным подсвечены ферменты, которые у них есть, соответственно этого явно недостаточно.
3) Карбоангидраза. Число оборотов фермента
13000 1/s Homo sapiens at 20°C and pH 7.5 (по данным википедии 400,000 - 600,000 s/1)15200 1/s Homo sapiens pH 8.7, 1,2-dimethylimidazole buffer, carbonic anhydrase II
117 1/s Homo sapiens pH 6.3, MES buffer, wild-type carbonic anhydrase I
Ингибиторы карбоангидразы - лекарство от глаукомы. Также связана с анемией, алкалозисом, а ацидозисом, и т.д. Существование большого количества заболеваний, связанных с карбоангидразой, возможно причина большого числа различных функций, выполняемых ею в клетках, самих карбоангидраз также существует болшое количество, и вероятно, причин нарушения работы самих карбоангидраз тоже может быть не одна. Также может оказаться, что большое количество ссылок на болезни, ассоциированных с данным ферментом, связано с его высокой pH-зависимостью.
4) Путь от глюкозы до глютамат.
glucose C00293 C00025 glutamateНа картах выделен путь от глюкозы до глютамата.
5) Taq-полимераза
Согласно данным Brenda после пяти минут при температуре 95, наблюдается 61% активности фермента. Через десять минут будет 23,79% активность.6) Поиск похожих химических соединений, с помощью рисовалки в BRENDA
У сервиса были какие-то проблемы на момент выполнения задания, технически его выполнение невозможно:(
7) Поиск гомологов теломеразы у прокариот в KEGG
Степень родства недостаточная, соответствующий e-value очень большой.8) Супер задание
Белок с кодом ZP_04127279.1. Нужно найти сигнальные последовательности в белке для BACSU, и заменить их на сигнальные для транспорта из цитоплазмы для ECOLI.Для нахождения сигнала локализации в BACSU был использован сервис SignalP 3.0. C его помощью были получены следующие результаты:
Оба алгоритма сходятся на том , что место разрезания последовательности находится между 32 и 33 а.о. Соответственно, наша сигнальная последовательность - это N-концевой участок по 32 а.о.
Если указать в поле поиска, что белок относится к грамм отрицательным бактериям, то предсказываемый участок разрезания будет 27-28 а.о.
Сложно сказать, имеет ли это большое значение для узнавания этой сигнальной последовательности, предположим , что да. С помощью то же сервиса найдём сигнальную последовательность в каком-нибудь экстрацеллюлярном белке ECOLI (например алкалин фосфотазы)
Меняем "MKFRNTKIAMITLSSFFILGSASLSFTDTIHG" на "MKQSTIALALLPLLFTPVTKA"
2) Поиск литературных ссылок в BRENDA
Мы искали литературные ссылки, касающиеся клонирования и экспрессии каких-нибудь экстрацеллюлярных белков в E.Coli из грамположительных бактерий. После продолжительных поисков, была найдена ссылка на исследование, в котором также важно было добиться специфичной локализазии белка Nuclease A из стафилококка. Авторами описан метод использования сигнальной последовательности ompA , использованной для правильной локализации белка.Схема, иллюстрирующая замену сигнальных последовательностей.
Подробное описание проведения присоединения сигналной последовательности по ссылке: http://www.jbc.org/content/260/5/2670.full.pdf+html