На страницу четвёртого семестра
Эволюционные домены. Pfam
Задание 1
Ссылка на страницу Pfam с описанием домена Maf: http://pfam.janelia.org/family/PF02545Белок Maf- предполагаемый ингибитор образования септ у эукариот, бактерий и архей
Ссылка на документ Excel, содержащий сводную таблицу по всем белкам, содержащим домен PF02545.
PF02545.xls
Было выбрано две доменные конструкции Pfam:
Всего последовательностей с доменом Maf- 2524. Число видов в которых он встречается-1743. Из них среди бактерий 2552 последовательности в 1575 видах, среди эукариот - 229 последовательностей в 155 видах, и среди архей 14 последовательностей в 14 видах.
Задание 2
Общее выравнивание двух групп последовательностей в пределах домена. Выравнивание из БД Pfam.
Ссылка на выравнивание белков, отвечающим выбранным доменным структурам. al.msf
Задание 3
Филогенетическое дерево.
Гипотеза: слияние доменов, приведшее к образованию данной доменной архитектуры, произошло в один раз и передавалось по наследству .
Данных для подтверждений гипотезы, строго говоря не достаточно. Последовательности могут быть выровнены неправильно. . Само филогенетическое дерево, вообще говоря, построено по выборке из последовательностей с данными доменными организациями, и мы можем не видеть всей эволюционной картины . То, что мы видим - это, что выделяются две группы по доменным организациям и они не пересекаются друг с другом.