На страницу четвёртого семестра
Филогенетические деревья II
Занятие 4
1) Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.
С помощью программы fdnadist была получена матрица расстояний, которая была подана на вход fneighbor, построено дерево. Так как филогения реконструировалась по достаточно консервативным последовательностем рибосомальной РНК, дерево получилось близким к правильному, имеет с ним 4 общие ветви. Eдинственное различие, это присутствие ветви STAES&BACSU против всех вместо BACSU&LISMO против всех. Данное дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям лучше, чем соответствующие деревья, построенные по последовательностям белков. Так , в случае использования алгорима Neighbor-Joining для белков, например, находятся верно 3 ветви, среди выше названнных не находится ветвь LACDA&LACA&PEDPA.
2) Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.
Программой fprotpars построено дерево гомологов белка CLPX_BACSU из наших бактерий.
Пример парологов: HslU_BACSU-Clpx_BACSU, HslU_PEDPA-Clpx_PEDPA
Пример ортологов: Clpx_BACSU-Clpx_LISMO-Clpx_STAES-FINM2