На страницу третьего семестра
A- и В- формы ДНК. Структура РНК.
-
Построение моделей структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.
Структура дуплекса в А-форме в файле gatc-a.pdb , структуру дуплекса в В-форме - в файле gatc-b.pdb , структуру дуплекса в Z-форме - в файле gatc-z.pdb . -
Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот
Упр.1 Ссылка на скрипт к упр.1
Упр.3 В заданной структуре ДНК нет разрывов.В структуре РНК разрывов также нет, самих РНК две.
Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.
Упр.1
Рассматриваемое основание - аденин с номером 26.
B-форма
1. В сторону большой бороздки обращены атомы С8,С5,N7,N6,C6.
2. В сторону малой бороздки обращены атомы N1, C2, C3,N9, C4.
А-форма
1. В сторону большой бороздки обращены атомы N6,C6,N1,C2,N3
2. В сторону малой бороздки обращены атомы N9,N7,C8
3. Остальные атомы С4,С5
Z-форма
Нет аденина.
А.о. в ChemSketch pr2.sk2
Упр.2 Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.
При заполнении двух нижних строк указано, от фосфата какого нуклеотида измерялась ширина бороздок.A-форма B-форма *Z-форма Тип спирали (правая или левая) правая правая левая Шаг спирали (Å) 28.03 А 33.75 А 43.50 А Число оснований на виток 11 10 12 Ширина большой бороздки 16.81(T31) 17.21(G29) 18.30 (С16) Ширина малой бороздки 7.98(T31) 11.69(G33) 9.86(С16)
Упр.3
Торсионные углы для аденина alpha beta gamma delta epsilon zeta chi А-форма
Презентация-62 173 52 88 или 3 178 -50 -160 А-форма -51.68 174.80 41.70 79.09 -147.8 -75.09 -157.2 B-форма
Презентация-63 171 54 123 или 131 155 -90 -117 B-форма -29.89 136.32 31.20 143.34 -140.77 -160.50 -98.00 Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.
Упражнение 1.
Средние значения торсионных углов в данной ДНК α β γ δ ε ζ χ А-ДНК -22.98 36.44 23.19 142.37 -30.92 -104.77 -109.80
Упражнение 2.
Стебли тРНК 1IL2 Участок структуры Позиции в структуре
(по результатам find_pair)Акцепторный стебель C:.901_:[..U]U-----A[..A]:.972_:C
C:.902_:[..C]C-----G[..G]:.971_:C
C:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:C
C:.904_:[..G]G-----C[..C]:.969_:C
C:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:C
C:.906_:[..G]G-----C[..C]:.967_:C
C:.907_:[..A]Ax----U[..U]:.966_:C
D-стебель C:.938_:[..C]C-*---P[PSU]:.932_:C
C:.939_:[..G]G-----C[..C]:.931_:C
C:.940_:[..U]U-*---G[..G]:.930_:C
C:.941_:[..G]G-----C[..C]:.929_:C
C:.942_:[..C]C-----G[..G]:.928_:C
C:.943_:[..C]C-----G[..G]:.927_:C
C:.944_:[..A]Ax*---G[..G]:.926_:C
T-стебель C:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:C
C:.950_:[..G]G-----C[..C]:.964_:C
C:.951_:[..G]G-----C[..C]:.963_:C
C:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:C
C:.953_:[..G]G----xC[..C]:.961_:C
C:.954_:[5MU]u-**-xA[..A]:.958_:C
Антикодоновый стебель C:.910_:[..G]G-*---U[..U]:.925_:C
C:.911_:[..U]U-----A[..A]:.924_:C
C:.913_:[PSU]Px*--xG[..G]:.922_:C
Неканонические пары:
C:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:C
C:.954_:[5MU]u-**-xA[..A]:.958_:C
С:.955_:[PSU]Px**+xG[..G]:.917_:C
C:.938_:[..C]C-*---P[PSU]:.932_:C
C:.940_:[..U]U-*---G[..G]:.930_:C
C:.944_:[..A]Ax*---G[..G]:.926_:C
C:.910_:[..G]G-*---U[..U]:.925_:C
C:.913_:[PSU]Px*--xG[..G]:.922_:C
C:.908_:[..U]Ux**-xA[..A]:.946_:C
C:.914_:[..A]A-*--xA[..A]:.921_:C
C:.915_:[..A]A-**+xU[..U]:.948_:C
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:
C:.908_:[..U]Ux**-xA[..A]:.946_:C
Упражнение 3. Стекинг-взаимодействия.
Наибольшую площадь перекрывания имеют пары:
16 GU/GC 7.38( 3.96) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.11( 4.09) 14.49( 8.06)
41 Gu/AC 8.53( 3.99) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.60( 2.62) 14.13( 6.61)
