- Сравнение записи SwissProt о белке Maf_Bacsu по системам MRS (http://mrs.cmbi.ru.nl/mrs-web/), SRS (http://srs.ebi.ac.uk/),
UniProt (http://www.uniprot.org/)
SRS и MRS содержат абсолютно идентичную информацию о белке, единственные отмеченные мною отличия, это наличие в SRS попытки
в поле Features визуализировать соотношения между различными структурами в белке и их положение, имеются расширенный и сжатый варианты. И
второе, это возможность в SRS получить последовательность в нескольких форматах в т.ч. FASTA (другие: GCG, PIR,
Swiss-Prot, Pretty),в MRS FASTA вообще нет. В UniProt как-то более явно отражена информация о последнем обновлении, в MRS отсутствует поле Protein Existence\
Также в UniProt лучше всего устроено поле Features, как-то логичнее, и щёлкнув по участку, который изображает, например, спираль
мы попадём на страничку где в общей последовательности будет выделено то, что к этой альфа-спирали относится, в srs мы увидим только вырезанный кусок,
и выглядеть это будет хуже. Копирование последовательности в UniProt в меньшем кол-ве форматов.
По моему мнению места распределились следующим образом 1.UniProt 2.SRS 3.MRS
- Поле "Taxonomy"(SRS) банка SwissProt
- Название таксонов, начинающихся на "gam" - gambusia, gammacoronavirus, gammaherpesvirinae, gammalipothrixvirus, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea
- Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерия" - gammaproteobacteria
- Число записей в банке SwissProt, описывающих белки изгамма-протеобактерий - 120605
- Запросы к банку SwissProt, призванные найти белки гамма-протеобактерий, выполняющие функцию, сходную с функцией моего белка.
|
Формулировка функции белка
|
Строка запроса
|
Количество найденных документов
|
|
Septum formation protein MAF
|
почему-то она у меня не отражается.
|
2
|
|
Septum formation protein
|
|
471
|
|
Septum
|
|
608
|
- Последовательности к первому запросу в формате FASTA
открыть
- Дополнительные задания.
- Число статей за последние 3 года, в которых упоминается мой белок - 60 (year 2007!2008!2009!2010; all text "Maf")
- Число статей, опубликованных в 1970-е годы совместно с А.А. Нейфахом, найденных по запросу с указанием на год
1970:1979, и на автора Neyfakh,A.A.- 9
-
Основные направления научной деятельности Нейфаха:
ядерно-цитоплазматические отношения в раннем развитии;
генетический контроль синтеза белков в эмбриогенезе;
радиационная инактивация ядер в развитии;
генетика скорости эмбриогенеза.
|