Паттерны и профили

1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей
   В данном задании требовалось выбрать фрагмент из выравнивания белка Maf_Bacsu и его гомологов, и создать по этому фрагменту три паттерна. Первый в точности соответствует исходной последовательности исследуемого белка, является среди трёх самым строгим и поиск по нему по данным в Prosite дает наименьший результат.В выбранном фрагменте выравнивания имеет место повышенная консервативность, поэтому выдаваемые программой белки являются также наиболее близкородственными для Maf_Bacsu.Если посмотреть на данные, выдаваемые BLAST, то найденные нами белки из Prosite будут отражены как гомологи, только 3 из них относятся к MAF_***, группа которая имеет наиболее сходные последовательности с Maf_Bacsu остальные 5 имеют меньше сходства согласно Blast , однако находятся по паттерну, в то же время множество представителей из группы MAF_*** этим паттерном не находятся. Второй паттерн составлен с учётом всех выровненных последовательностей, что вообще говоря гарантирует их нахождение.В третьем случае целью было ослабить паттерн, на основе свойств аминокислот, соответственно расширить количество находок.Приведена таблица, содержащая результаты поиска.
   Таблица.Поиск по паттернам в Prosite

   Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
   Фрагмент последовательности	L-I-L-A-S-Q-S-P-R-R	9	Только сам Maf_Bacsu
   Сильный	[LI]-[IV]-L-A-S-[QAGS]-S-P-[AR]-R	135	Находятся все последовательности выровненных белков.Y2348_TREDE, Y360_SYNJA, Y3335_STRAW, Y1711_DESPS, Y1422_FLAPJ, MAF_BACSU
   Слабый	[LIMV]-[ILMV]-L-A-S-X-S-P-[RA]-R	181	Также все.

2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке Maf_BACSU.

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования белком C киназа	паттерн	[ST] - x - [RK]	неспецифична	3
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеин киназой II	паттерн	[ST] - x(2) - [DE]	неспецифична	6
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	cAMP- и cGMP-зависимой киназы сайты фосфорилирования.	паттерн	[RK](2) - x - [ST]	неспецифична	1
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	паттерн	N - {P} - [ST] - {P}	неспецифична	1
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозин киназой.	паттерн	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y	неспецифична	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}	паттерн	неспецифична	1