Множественные выравнивания.

1. В этом задании нужно было получить множественное выравнивание последовательностей малых дельта антигенов и сравнить его вид в GeneDoc с тем как выглядят в нём те же невыровненные последовательности. До использования программы muscle последовательности в какой-то мере являются как бы случайными по отношению друг к другу, в том плане что выравнивниваются в GeneDoc некомплементарные друг другу участки , что прежде всего связано с отсутствием учёта делеций и вставок. Это обуславливает отличия от вида тех же, предворительно выровненных последовательностей : в новом варианте значительно больше число консервативных и функционально консервативных групп,присутствуют символы гэпа.(не концевые)
   До выравнивания delta1.msf
   После выравнивания delta2.msf
2. Выравнивание набора гомологов белка Maf_Bacsu.
   Участки с повышенной долей консервативности: 37-48 (7-18), 83-86(53-56),102-108 (65-71), 210-214 (169-173). В скобках указаны координаты по белку Maf_Bacsu , без скобок - по выравниванию. В целом консервативных и функционально консервативных групп не так много, поэтому из предположения о гомологичности белков следует ,что данные участки играют важную роль в обеспечении функциональности белка.Участки же на протяжении которых выравнивание скорее всео не несёт биологического сымсла представляются мне такими: 1-36(1-5),215-239(174-189), м.б.120-160(84-122).Это прежде всего концевые участки выравнивания,а также те в которых функциональные группы разбросанны. homologi.msf
3. Другие программы множественного выравнивания(mafft и edialign)
   В этом задании сравнивались множественные выравнивания белка с его гомологами, полученные в трёх разных программах : muscle, mafft, edialign. Во-первых, выравнивания не совпали. Во всех трёх вариантах выделяемы одни и те же консервативные и функционально консервативные группы, за исключением самого начала, edialign и mafft, разумно выделяют консервативную группу по метионину , чего не делает muscle.Кроме того различие собственно в гэпах и их расстановке.Любопытно по каким соображениям выравнена концовка в mafft, концевые а. в последовательностях просто выведены но концевую позицию в выравнивании. Из особенностей можно ещё отметить то, что edialign различает большие и маленькие буквы в последовательностях, т.е. умеет делать выводы о том какие вставки и делеции в каких последовательностях произошли.
   Aa_mafft.msf
   Aa_edialign.msf
4. Программы обработки множественных выравниваний